澳门两大黑帮洪兴帮和义英帮为争夺赌场利益火并数月后决定言和，不想这时江湖上传出洪兴帮老大崩牙华已出五百万高价聘请外来杀手，准备不日刺杀义英帮大哥高佬忠。为保证高佬忠的安全以免天下再次大乱，崩牙华派出手下得力干将也是腐败警察的阿琛（梁朝伟）去阻止事情发生。 　　光头杀手耀东（ 刘青云）和神秘女子阿凤（邵美琪）常在阿琛左右出没，不断给他制造麻烦。原来，耀东是黑帮幕后老大洪先生派来的粉碎洪兴帮和义英帮的超级杀手，他的杀人手段十分精妙狠绝。经过一番安排，耀东制造出崩牙华与高佬忠均死于阿琛手中的局面，然而他的命运亦不掌控在自己手中。

广岛和长崎的两枚原子弹，终结了日本帝国主义蹂躏世界的恶行，却无法抹去披着人皮的恶魔们犯下的不可饶恕的罪业。20世纪50年代初的一天，贵族出身的佐川受邀来到樱花馆，此时会场内已经座无虚席，来宾竟然都是当年在731部队的战友。731部队臭名昭著，幸存者苟且偷生，但佐川独独无法忘怀三千六百名作为实验品惨死在哈尔滨的亡灵。这场聚会由未知的外国势力主办，东道主的目的只有一个，那就是借助老731的人力和经验再度研发杀伤力巨大的细菌武器。丰厚的报酬令一些早已丧失了人性的家伙垂涎三尺，但佐川却对此出离愤怒。面对这群人，他终于启齿回忆起关于731部队的一段罪恶又令人悲惋的往事。 　　转眼回到1945年，饭田太郎和爱子的故事浮出水面……

楚留香（狄龙）与一点红（凌云）自从在神水宫杀死了无花和尚后，又回到中原。结识了李玉函（岳华）与柳无眉（井莉）夫妇。在此前后，楚曾遇到连串莫名其妙的事情，后来，楚才知柳身患宿疾，她需要以楚的人头到蝙蝠岛去换取一种药物治病，是以欲置楚于死地，楚亲往蝙蝠岛了解事件，才惊觉阴谋中又有阴谋。

意外昏迷的少年徐泽明（杨天宇 饰），意识闯入一个奇幻武术世界，并卷入一场古拳法传人的争斗中。古拳法叛徒火龙（张继聪 饰）为抢夺古拳法秘籍，追杀守护人龟伯及秋云（马思惠 饰）多年未果，当发现泽明得到古法拳传承后更是愤愤不平，决心杀掉泽明夺回古拳法，终极对决一触即发…现实世界中，徐母（余安安 饰）也一直通过讲故事的方式刺激泽明的求生意识，竟意外达到里应外合的效果。究竟泽明最终能否战胜对手，在现实世界中恢复意识？

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是天地会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至善禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往天地会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了天地会总舵主，并追杀五个孩子……

达摩祖师（尔冬升 饰）本是印度南部国家的三王子，曾传授武艺给少林，是中国禅宗始祖。达摩父王病重，他在回宫探望的路上却遭遇杀手伏击，其他王子对即将继承王位的达摩心怀恨意，王宫之中暗流涌动。盘若多罗法师将老王身上的冤魂祛除，又引导达摩修行。达摩独具慧根，经过考验终于拜入盘若 多罗门下，后者劝说达摩在自己死后67年才能去中国修行。多年以后，达摩在南北朝梁武帝时期登陆南海，梁武帝令东林御寺予以接待，达摩见解玄妙，却令梁武帝不满，随即独自云游四方，最后在少林寺后山面壁静坐，三年不吃不喝不动。龙山寺神光和尚（樊少皇 饰）曾是杀戮无数的战将，皈依后夜夜被血腥噩梦困扰。神光为求修行解脱，远赴少林拜见达摩……

年轻有为的广告设计师卢家耀（梁家辉 饰）在一次阻止不良分子寻衅滋事中失手伤人，被判服刑三年，在狱中，他因个性憨直得罪了黑帮老大，受尽欺辱，老囚犯钟天正（周润发 饰）看不过仗义相助，两人结为患难之交。 　　钟天正原本有完好家庭，只因嗜赌成性才误杀妻子，身陷囹圄的他追忆往事时后悔不已， 决心走出高墙后重新做人。然而，因为替卢家耀出头，他得罪了狐假虎威心狠手辣的典狱长（张耀扬 饰），自此卷入狱中恶势力的漩涡，走投无路之际，他放弃了“能忍则忍”的处世哲学，决意以暴施暴。

同是警察的黄姜（黄秋生）和七喜（刘青云）情同手足，然而两人行事上却有天壤之别，黄姜刚正不阿，七喜却与黑帮老大盲超（吴镇宇）是结拜兄弟，某次行动中，黄姜迫于无奈将七喜连同盲超击毙，事后也没解释原因，令七喜老婆对其生出误会。 　　十多年后，七喜的儿子（黄浩然）与盲超的儿子阿威（陈小春）长大成人，并各自继承父业分别成了警察和黑帮老大。阿威一直想报父仇，可乐在不了解事情的真相前也有这样的打算，但在知晓事实后，开始为选黑还是选白犯难。

森（任达华 饰）和May（邵美琪 饰）各自带领的机动小组成员间争强好胜，May的小组得到何长官赏识，娇纵傲慢，森一队心有不服，却无可奈何。 　　机动小组即将解散，但在执勤的最后一天发生一起抢劫案，劫匪逃入荒山。两支小组并为一队上山展开地毯式搜查。期间各种离奇状况不断，加上彼此矛盾重重，致使森和May分头行动，却遭遇诸多险阻。另一方面，为队员送饭的肥棠（林雪 饰）汽车抛锚，结果遭遇劫匪。官兵与强盗在山中展开了一场怪异惊险的捉迷藏游戏，而PTU同事间的友情也受到了考验……