《监狱风云》的续作，资深囚犯阿正（周润发 饰）因为与前任科长（张耀扬 饰）的过节而延长刑期，服刑期间母亲病逝，儿子良仔被送到孤儿院甚至对父亲产生怨恨。阿正一心想申请外出看望儿子却遭到狱警头子“鬼见愁”（徐锦江 饰）的诸多刁难。“鬼见愁”因收买狱中大陆帮首领大圈龙（陈松勇 饰）不果 ，把其视为眼中钉，并且从中唆使挑拨使得大陆帮与阿正之间产生隔阂。一次陷害使得大圈龙不得不出逃，被误会陷害大圈龙的阿正也被迫逃走，逃跑途中两人相遇并产生了一段“难兄难弟”般的友情。最后阿正被再次抓回狱中，在暴乱中阿正终于得到机会和”鬼见愁“短兵相接。

万马堂主马空群设计在梅花庙摆下鸿门宴诛杀了神刀门主白天羽全家21口。白天羽和花白凤的私生子叶开，在师父李寻欢的养育下长大成人。叶开心地善良、仁慈。深得师父的喜爱。师父把飞镖绝技传授给他，在师父的教导下，他早已忘了“杀父之仇”。 为了复仇，花白凤领养了一孤儿傅红雪，将其训练成为复仇的工具。二十多年过去了，花白凤认为时机已到，派傅红雪前去万马堂杀仇人马空群。 叶开的师父得知此事后．要叶开去了断三代人的恩怨．马空群二十多年来一直提防白天羽的后人来报仇，他多次派人刺杀小镇上的陌生人傅红雪都没有成功。傅红雪在小镇上爱上了妓女翠浓。便带着她到处追踪马空群。不幸翠浓为掩护傅红雪被刺身亡。正当傅审问刺客时，刺客却被叶开的飞镖打死，引起傅红雪与叶开的相互疑杀。此时。曾是花白凤丫环的沈三娘赶到，告诉这一切都是马空群的奸计，造成二人自相残杀，达到一石二鸟的目的，而武林第一庄主丁白云才是幕后首脑人物。傅红雪只是这场恩怨之战的杀人工具。一场善与恶，仇恨与宽容的较量在万马堂展开。叶开试图阻止丁白云的恶劣行径，丁不听劝阻，激战中，丁白云终于失去战斗力，力竭跪下，问叶开为何不杀死他，叶开不加理睬，上马离去。

Ken（郭富城）虽出生在书香之家，却不爱书本爱运动，为追梦他来到拳馆做起杂工。某次宴会上，他和清纯的Gloria（李若彤）互看均欢喜，两人不久坠入爱河。有了爱情后，Ken的理想犹如安插上翅膀。某场拳击比赛中，Ken失手打死了Gloria的哥哥，两人分道扬镳，但Ken没因此放弃拳击事业，反拜名师（洪金宝）学习，以求技艺有更大长进。Ken的付出终感动Gloria，两人重归于好。在Gloria的鼓励下，Ken决定完成Gloria兄长挑战亚洲拳王的遗愿

达摩祖师（尔冬升 饰）本是印度南部国家的三王子，曾传授武艺给少林，是中国禅宗始祖。达摩父王病重，他在回宫探望的路上却遭遇杀手伏击，其他王子对即将继承王位的达摩心怀恨意，王宫之中暗流涌动。盘若多罗法师将老王身上的冤魂祛除，又引导达摩修行。达摩独具慧根，经过考验终于拜入盘若 多罗门下，后者劝说达摩在自己死后67年才能去中国修行。多年以后，达摩在南北朝梁武帝时期登陆南海，梁武帝令东林御寺予以接待，达摩见解玄妙，却令梁武帝不满，随即独自云游四方，最后在少林寺后山面壁静坐，三年不吃不喝不动。龙山寺神光和尚（樊少皇 饰）曾是杀戮无数的战将，皈依后夜夜被血腥噩梦困扰。神光为求修行解脱，远赴少林拜见达摩……

乾坤五绝之一的夺魂旗在白龙堆杀害十二个武林高手, 更杀掉常家庄一门三杰, 凶手每次行凶后都留下夺魂旗作为记号, 一时间江湖上人心惶惶, 人人自危, 自幼在万回谷罗刹教习武的常碧云闻得父兄遇害消息悲恸欲绝, 决定孤身追查真凶下落。

绰号“恐龙”的黑帮人物荣曾因杀人入狱，出狱后性情大变，竟选择在一所私立学校担任校工，后更因机缘巧合成为代课老师。以学生杰仔为首的“五大天王”，视黑社会为英雄人物，经常捉弄老师，荣强忍怒火，委曲求全，反令杰仔等人意气风发。荣全心全意教导学生，痛斥黑社会的真面目，更在一次街头殴斗中勇救杰仔，令学生们深受感动，与此同时，荣以前的黑社会身份被揭穿，他只有选择黯然离开……

澳门两大黑帮洪兴帮和义英帮为争夺赌场利益火并数月后决定言和，不想这时江湖上传出洪兴帮老大崩牙华已出五百万高价聘请外来杀手，准备不日刺杀义英帮大哥高佬忠。为保证高佬忠的安全以免天下再次大乱，崩牙华派出手下得力干将也是腐败警察的阿琛（梁朝伟）去阻止事情发生。 　　光头杀手耀东（ 刘青云）和神秘女子阿凤（邵美琪）常在阿琛左右出没，不断给他制造麻烦。原来，耀东是黑帮幕后老大洪先生派来的粉碎洪兴帮和义英帮的超级杀手，他的杀人手段十分精妙狠绝。经过一番安排，耀东制造出崩牙华与高佬忠均死于阿琛手中的局面，然而他的命运亦不掌控在自己手中。

广岛和长崎的两枚原子弹，终结了日本帝国主义蹂躏世界的恶行，却无法抹去披着人皮的恶魔们犯下的不可饶恕的罪业。20世纪50年代初的一天，贵族出身的佐川受邀来到樱花馆，此时会场内已经座无虚席，来宾竟然都是当年在731部队的战友。731部队臭名昭著，幸存者苟且偷生，但佐川独独无法忘怀三千六百名作为实验品惨死在哈尔滨的亡灵。这场聚会由未知的外国势力主办，东道主的目的只有一个，那就是借助老731的人力和经验再度研发杀伤力巨大的细菌武器。丰厚的报酬令一些早已丧失了人性的家伙垂涎三尺，但佐川却对此出离愤怒。面对这群人，他终于启齿回忆起关于731部队的一段罪恶又令人悲惋的往事。 　　转眼回到1945年，饭田太郎和爱子的故事浮出水面……