血滴子、傀儡人夜袭杭州红花会总舵，红花会四当家文泰来被擒、总舵被毁。学剑归来的陈家洛于杭州遭遇杀手设伏追杀，几番缠斗追逃后被百花阁歌姬玉如意所救。陈家洛得知自己被传言已成为红花会新任总舵主，掌握着前朝福王宝藏的秘密。陈家洛将计就计，利用宝藏秘闻拉拢善于易容的玉如意。他们从官府小吏钱经历那里打探出文泰来正被关押在杭州秘狱。秘狱之外，陈家洛、玉如意巧遇红花会赵半山、骆冰、李瀚文。五人协力搭救文泰来，却发现中了圈套——文泰来早已被换走，现在狱中的是朝廷高手“火手判官”张召重。五人各显神通，拼杀突围，前往李瀚文山庄
女警官玛德琳负责一项紧急任务：将一名重要的罪犯证人押运到纽约出庭作证，指控一个危险的黑帮罪犯家族。这项任务至关重要，但风险极高，因为黑帮势力不惜一切代价要阻止该罪犯证人出庭。
世界存亡危在旦夕，“信条”一词是唯一的线索与武器。主人公穿梭于全球各地，开展特工活动，力求揭示“信条”之谜，并完成一项超越了真实时间的神秘任务。这项任务并非时间之旅，而是【时空逆转】。
影片延续前作剧情，故事从“小丑”亚瑟（华金·菲尼克斯 饰）被捕后展开，他在狱中等待着审判日的到来。然而，就在亚瑟与自己的双重人格缠斗之时，他不仅偶遇真爱，甚至还释放出一直潜藏在内心的旋律。
