明朝有一个神秘的组织——玄衣卫，专门破获各种离奇事件，组员包括苗疆传人、萨满后裔等超自然界高手。故事讲述了玄衣卫被奸人陷害的几年后，邪恶组织过阴堂日益猖狂，皇城神枢营侍卫数月内多次无故失踪。皇帝大怒，特命玉麒麟彻查办此事。家国安危之下，前玄衣卫指挥使高建斌只身打探，在北镇抚司大战黑衣杀手，更是引出了背后更大的阴谋……
本电影是一部围绕保护西域古墓为主题展开的故事，故事的主人公李天祥董玲为保护古墓和意图盗墓的乌鸦大荣马宏林陆涛等人斗智斗勇，几经曲折险象环生，虽然历经险难，但最终还是在李天祥董玲的不懈努力下，将找到的西域古墓移交给了考古队，让国家文物得到了妥善的保护。
搜救队找到被Satan囚禁在航天飞船上奄奄一息的陈深并将他接回地球，重返地球的陈深带着特行组迅速展开他的复仇计划。阿J和Satan相继被他关进精神病监狱。被严刑逼打的阿J和Satan是否能挺过这次劫难，阿J到底在Satan耳边说了什么？陈深的复仇计划又是否真的如愿以偿？
