皮埃尔（洪金宝 饰）在上司阿石（金城武 饰）的带领下破获了一宗大型毒品交易案，没收了大量毒品，将它们作为证据存放在警察局中。这批毒品系日本商人山本所有，为了销毁证据替自己脱罪，山本派出了一群亡命之徒狂徒帮，设计潜入警局夺回毒品。 　　最终，毒品被偷走了，但警方活捉了其中一名 罪犯。于是，狂徒帮绑架了皮埃尔的女友柔情（周海媚 饰），想同警方交换人质。心急如焚的皮埃尔找到了同事兼好友王郁文（元彪 饰），虽然两人先前有着因为小小误会而产生的矛盾，却在之后的相处中结下了深厚的友谊。皮埃尔、王郁文一行人深入敌后里应外合，同犯罪分子展开了激烈的较量。

金刚（许冠杰 饰）与光头佬（麦嘉 饰）在一次泰国的任务中不欢而散，自此分道扬镳各奔前程……时间一晃三年，国宝兵马俑与秦皇宝剑在赴港展出的路上被白手套一伙施调包计窃走，自称“新最佳拍档”的飞贼姐弟（利智&张国荣 饰）再由白手套手中夺走宝剑，并高调登报嫁祸于最佳拍档。一时间，大陆方面派出的中国蓝波（李元霸 饰）与白手套等人均认为退出江湖的最佳拍档是夺剑人，对金刚和光头佬展开连番追捕。最终两个老搭档终于澄清误会，联合飞贼姐弟接受大陆方面的艰苦训练，以期能够为保护国宝而战…… 　　本片是《最佳拍档》系列电影的第五集。

上世纪初，猖獗的香港海盗屡屡劫持商船，考虑到各国商家的投资信心会因此减少，继尔香港国际贸易中心的地位可能会不保，当局改编水师，成立了一支特警小队负责海上治安。 　　队长马如龙（成龙）执行公务时遭人陷害，愤而辞职。海盗头目罗三炮（狄威）抓走官兵家眷做人质，当局决定利用内线周永龄从中调停。因为早知周永龄与海盗勾结，马如龙自告奋勇拯救人质，他重组水师，制定了A计划，期望通过与上司洪天赐（元彪）及好兄弟卓一飞（洪金宝）作里应外合，将海盗一网打尽。

大傻的老表尹光初到香港，因深受资本主义自由化荼毒，以为在资本主义社会必须用无良手段才可以生存，故自号无良教主，大傻劝阻无效，只好暗中处处维护，而大傻的外甥因入世未深，学尹的无良招数，实有名无实，三人终日无所事事。

飞贼黑猫（许冠杰 饰）抢夺国际犯罪组织的钻石后借助多种工具溜之大吉，黑猫在现场遗留的白手套让香港警方误认为作案者是国际大盗“白手套”，警方请到追捕白手套多年的美国光头神探（麦嘉 饰）查案，并派出干练女警何东诗（张艾嘉 饰）协助。另一方面，钻石主人——意大利黑帮要求白手套正身抵港取回钻石。　　光头神探与黑猫不打不相识，威逼利诱之下，黑猫决定协助神探拿获白手套。三人小组为找回遗失的钻石盲打误撞惹来连串麻烦，黑猫终于拿到钻石之际，潜伏的白手套也同时出现了……

曾是“O记”杰出探员的庄士敦（刘德华 饰），四年前因某起案件双目失明，而今眼前一片漆黑的他仍乐此不疲捡起沉疴多年且悬而未决的无头之案调查，在给受害者讨回公道的同时赢得丰厚的悬红报酬。他判案手法独特，擅长在头脑中原原本本还原当事人所处的场景和持有的心情来追查线索。在追查“通渠水伤人事件”疑犯的过程中，庄偶然结识当年“O记”好哥们司徒法宝（郭涛 饰）的下属何家彤（郑秀文 饰）。何虽然办案经验不足，但身手了得，关键时刻救下了正处在危急关头的庄。她对这位名震一时的“破案之神”佩服得五体投地，因此请求庄Sir接手帮忙调查许多年前失踪的好友小敏的下落。

动作巨星元豹（陈奕迅 饰）走红二十余载却从未得到过最佳男主角，因与泰国黑帮老大“八面佛”交好而被怀疑参与跨国贩毒犯罪，铁杆迷弟铁柱（李荣浩 饰）通过擅长“潜规则”的副导（崔志佳 饰）潜入元豹新电影的剧组，努力配合警方收集证据想为偶像洗脱嫌疑。在经历了恋上女一号童童（李一桐 饰），得罪元豹经纪人泰格（陈国坤 饰），晋升成为男二号，目睹偶像用替身、耍大牌等一系列啼笑皆非的“娱乐圈初体验”之后，铁柱也终于离案件更近了一些……

狱中5个素不相识的人成了好兄弟——五福星。茶壶（洪金宝 饰）、死气喉（吴耀汉 饰）、卷毛积（岑建勋 饰）、凡士林（秦祥林 饰）和鲁奇（冯淬帆 饰）五人皆因小偷小摸或跑龙套成了冤大头，他们决心出狱后重新做人，光明正大挣钱。五人同一天出狱了，出狱后他们合股成立了一间清洁公司 ，专门帮公司或家居进行清洁。 　　一天，黑帮在交易制贩假炒的电版时，被当地一个愣警察撞见了。慌乱之下，他们将电版藏进了五福星的清洁车的清洁箱内。毫不知情的五福星就这样又无端卷入了江湖是非中：一方面，警察怀疑他们是黑帮同伙，在四处通缉他们；另一方面，黑帮也在追寻他们，想杀人灭口取回电版。五福星在进退两难的境地如何运用他们的奇谋妙计脱险？

零零恭、零零喜、零零发（周星驰 饰）、零零财是宫廷四大高手，专职保卫皇帝（张达明 饰）的安全。虽号称四大高手之一，零零发实际上只会搞些小发明完全不会武功，某次因为未完成皇帝交办的捉拿江湖四大怪杰的任务，他被开除出宫。回家后，零零发开了一家妇科诊所，时常会用一些小发明讨得老婆（刘嘉玲 饰）心花怒放，日子也算怡然自乐。 金国以“天外飞仙”尸体为由将皇帝从宫中骗出，并伺机杀死了紧跟皇帝的三大高手，关键时刻，零零发用他发明的“直升机”和“机关枪”救皇帝一命。不死心的敌手随后派来名妓琴操（李若彤 饰）引诱零零发，零零发与老婆将计就计演起双簧。

快餐店打工仔阿银（周星驰）某日送快餐时邂逅正在武术训练馆学习日本空手道的阿丽（钟丽缇），对其一见钟情。遭遇同样喜欢阿缇的武馆教练林国斌的羞辱后，自觉太弱小的阿银决定拜自称为“魔鬼筋肉人”的达叔（吴孟达）为师，达叔一开始只想骗取阿银的钱财，终被其善良和执着打动，开始教授其中国古拳法。

余小宝（黄秋生 饰）拥有一身好武功，随着年龄增长也有点力不从心，经营一家老式铁打医官。他妻子早逝，身兼母职照顾儿子Nicky（冯德伦 饰）和女儿Natalie（钟欣桐 饰），可是家里总是缺少和睦，哥哥和妹妹常常吵架，而孩子们都听厌了父亲不停讲述当年的英勇。Nicky一直喜欢妹妹的好朋友Ella（蔡卓妍 饰），而Nataile的男友Jason（吴彦祖 饰）则是个音乐人。 　　Rocco（王敏德 饰）抓走了余小宝要求说出当年加害Rocco使之从此瘫痪的戴子龙，兄妹俩不得不一起救回爸爸。至此他们才发现了爸爸、Jason以及戴子龙的真事身份，使他们惊讶不已。