在与艾奥的殊死战斗中获胜后，达里尔作为吉恩残余部队的一员来到地球。他正在执行一项情报任务，以获取有关被盗的 Psycho Zaku 的信息。与此同时，当艾欧和她的新战友们一起参加雷霆行动时，她遇到了自称是南海联盟边境警卫队指挥官的中校佩尔。吉恩、联邦、南海联盟三方的机动战士战斗在海底、冰原、丛林中展开。战争尚未结束。

在医院工作的山际辰雄（染谷将太 饰）和悦子（夏帆 饰）是一对恩爱的小夫妻。近一段时间，辰雄时常望着窗外发愣，令妻子分外不安。与此同时，悦子所在的工厂同事浅川美雪（岸井雪乃 饰）出现异样，她声称总在家中看到男性幽灵，但那却是她在世的亲生父亲。悦子将美雪送到丈夫的医院检查，结果发现美雪完全丧失了“家人”的概念。在医院时，悦子还遇到了辰雄的好友真壁医生（东出昌大 饰），而对方给她留下了十分不好的感受。渐渐她发现，辰雄与真壁之间似乎有着某种联系，两人更秘密在进行着什么。

在很久以后的未来，地面已经被污染到无法生存的程度，人类开始朝地底开发，并创造人工生命体代为劳动，没想到人工生命体反抗了人类接管了地底世界，而因为过度污染与新型态的病毒感染，原已所剩无几的人类又减损了近30%的人口，此时的人类以基因改造获得了长生，相对的也面对了自此失去生育能力的窘境，创造新生命成为人类世界复苏的关键。为了找寻失落的基因密码──“繁衍”，人类望向了曾经开发的地底世界开启了探索任务，同时因学生人数骤减而被舞蹈教室裁员的碰太，参加了地底任务的征选成为了被派往地底的英雄，只身前往充满未知恐惧的地底世界，惊人的地底探险就此开始……

在设计公司上班的加濑鸣海（长泽雅美 饰）早就和丈夫真治（松田龙平 饰）的爱情走向破裂，可是在丈夫走失再回来的时候，她却发现对方似乎丧失了记忆，对周遭一切都懵懂无知。与此同时，城市内姓立花的人家发生血腥的杀人案，作为重要嫌疑人的学生妹立花明（恒松佑里 饰）则下落不明。周刊记者樱井（长谷川博己 饰）受命前往案发现场，却遇到了举止怪异的青年天野（高杉真宙 饰）。天野自称来自外星，他和包括立花在内的同类们正筹划入侵地球。半信半疑的樱井随其踏上寻找立花的旅途，而另一边的鸣海也对丈夫的真实身份产生了质疑……