继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。

十年前，地质学专家李梓岚因工作疏于对家庭的照料，导致丈夫顾兴志带着儿子 顾尧离开，没曾想车子行驶时发生意外，丈夫丧生，儿子顾尧被荒野丛林里的一只 巨型山地大猩猩所救。十年后，李梓岚与后来的丈夫马洪强携女儿马可等人随地质 勘探队来到荒野丛林进行科研工作，马可趁着大人们不注意乱跑进了山里差点遭遇 危险，幸亏遇到一个野人模样的少年将自己解救。回到营地的马可告诉了马洪强和 李梓岚山里发生的事情，众人赶去山里调查，发现了巨型了山地猩猩，被利益驱使 的马洪强打算抓捕猩猩获利，李梓岚与丈夫发生争执，猩猩在少年的帮助下逃脱， 随少年进入洞穴的李梓岚发现了当年儿子画的全家福，得知少年就是自己的儿子顾 尧，母子相认，经过劝说的马洪强也放弃了抓捕猩猩的想法。就在这时科考队的老 板巴泽尔闻讯赶来，带着武器打算强行猎捕大猩猩，适逢暴风雨降临导致荒野丛林 出现山体滑坡，山下露营的整个科考队成员面临巨大危险，众人逃亡时躲避不及， 巴泽尔要被巨石压下，此时受伤的大猩猩选择救助了巴泽尔，众人十分感动。顾尧 也终于跟随母亲回到了自己的家里。

故事由导演亲自撰写，围绕着一位“缺席”的英雄展开：一位迷失在太空空虚中的宇航员。他缺席的故事在地球上被间接地讲述。他是这个国家的儿子，受到所有人的爱戴和钦佩。但他的妹妹艾莎总是想着他，而艾莎是这个故事中真正“全在场”的女主角。艾莎的生活和童年都是由别人代为度过的，她依靠哥哥和英雄的梦想和抱负来维持生活。他是她的参考点和她每天的灵感。当他漂浮在空中某处时，艾莎也在地球上飘荡……

斯特拉因 30 年前父亲失踪而备受困扰，她回到家乡照顾生病的母亲。一天晚上，她的父亲通过一台旧收音机联系到了她。斯特拉必须穿越时空，通过激活 Taklee Genesis 把他带回来。

昆虫学家苏浩遭到一个神秘组织的绑架，被迫参与一项昆虫与哺乳动物的基因重组实验。随着实验的一步步深入，苏浩发现该实验项目背后隐藏着惊天的大阴谋，而参与实验的人员又相继离奇失踪和死亡，为了揭开真相，阻止安少康违背自然规律的反人类犯罪行为，苏浩与基因突变成恶魔的安少康展开了一场惊心动魄的生死较量。