城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

曼道和他的成年侄子杰克逊使用星体投射来扭转鬼魂在万圣节的死亡。

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。

在南极的冰层深处，一队地质学家发现了一个古老的纳粹实验室，它仍然完好无损，那里曾发生过黑暗实验。为了征服世界，纳粹创造了能够飞行的改良鲨鱼，它们的骑手是基因突变的不死超级人类。一个名为“死肉四人”（在越南阵亡的复活的美国士兵）的弥尔顿特遣部队被召集起来，以防止世界崩溃

和叔叔婶婶一起生活的瑞克（德雷克•贝尔 Drake Bell 饰）算得上是一个标准的失意路人甲了，他暗恋同班的邻家美女吉尔（萨拉•帕克斯顿 Sara Paxton 饰），但在吉尔狂妄的男友兰斯面前却感到自己毫无机会。在班级旅行中，瑞克一班人参观了动物基因实验室，擅于把所有事情搞砸的瑞克被经过基因改造的蜻蜓咬啮，从此拥有了超人的能力：不死之身外加具有吸附力的身体。与此同时，兰斯的叔叔兰德斯（克里斯托弗•麦克唐纳 Christopher McDonald 饰）掌控的医疗中心正在加紧研制人类基因改造技术，罹患绝症的兰德斯借助该技术令自己获得新生，但代价是吸取别人的生命才能维系自身存活。瑞克经历了超人学院后勉为其难开始了自己的城市英雄生涯，他与代号“沙漏”的恶徒兰德斯之间必有一战……

灰熊湖镇是一个地处偏远的宁静小镇，然而，一个变态杀手的出现打破了这里的平静。莱尼（珊妮·卡斯韦尔 Shanley Caswell 饰）是一个外表平庸作风古板的素食主义学生，个性别扭好强的她在学校里成为了大家排斥的对象。莱尼的好友艾恩（史宾塞·洛克 Spencer Locke 饰）是校内人气颇高的啦啦队队长，可惜的是，由于同时喜欢上了男生克莱普顿（乔什·哈切森 Josh Hutcherson 饰），两人的友情很快就以破裂告终。一个女生的死亡使得包括艾恩和克莱普顿在内的八人被罚留校察看，除非他们找出凶手，否则不能步出学校一步。然而，根据一名神秘学生的回顾，往届留校察看的学生们都会被变态杀手所杀，与此同时，他们发现世界在十分钟内就要毁灭。为了保命，莱尼驾驶着时光机，穿越到一切的源头1992年，在那里，她能够成为拯救世界的英雄吗？

捉鬼敢死队员们又一次拿起武器在曼哈顿与恶魔决斗，在纽约城一场小战争后，敢死队发现一个千年恶魔准备重返地球并对曼哈顿不怀好意，而且通过他的王国---曼哈顿艺术博物馆进行破坏行动，现在只有捉鬼敢死队为了拯救纽约城与恶魔决斗一场……