在这个维度里，世界被分为“海”和“空”两大空间，在海中居住着被称为“海人”的古老民族，在幽暗宁静的海底，他们过着平静纯洁的生活。和海人相对应的，则是在陆地上居住的“空人”，由于缺乏了解，在海人的心目中，空人一直都是高大可怖的存在。                                                                      　　一日，海人马琳（阿澄佳奈 配音）在海底捡到了一枚戒指，为了将它归还给失主，她和妹妹乌琳（堀江由衣 配音）来到陆地上，开始了一场大冒险。马琳顺利找到了戒指的主人宫守夏音（寿美菜子 配音），可是由于夏音的任性，戒指再度丢失。在寻找戒指的途中，马琳意外的打开了装载着邪恶力量的石棺，世界陷入了危机之中。与此同时，栖息在马琳和夏音体内的巫女力量也开始觉醒，作为“海之巫女”和“空之巫女”，女孩们能够战胜凶恶的幽灵吗？

高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。                                                                      　　某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!