近未来，当年繁华喧嚣的东京因核电站事件变成了死城，被成为世界第一大幽灵城市。然而即便在这座死寂的废墟中，仍有幸村者盘桓于此。20XX年，三名没有配备任何防辐射装备的少女出现在旧东京。她们名叫成濑荆（户松遥 配音）、深作葵（花泽香菜 配音）、野村妙子（明坂聪美 配音），是通过遗传基因改造生下来天生具有抗辐射能力的少女，统称“COPPELION”。在防卫大学附属特别工科学校教官三岛鬼兵陆佐（小山力也 配音）的指挥下，少女们四处搜索幸存者，前所未有的经历以及感受接踵而至，少女们的心中作何感想……                                                                      　　本片根据井上智德的漫画原作改编，COPPELION少女们的姓氏均来自日本著名导演，普通人姓氏则来自日本的文豪作家。

機動世紀８０１３年・・・                                                                      　　人類が滅亡してすでに７０世紀以上の年月が経過した地球では、残された大量                                                                      　　の軍事用ロボットたちが来る日も来る日も終わりの見えない戦争を続けていた。                                                                      　　ヨーロッパを支配したリベリオン連邦とアジアを中心に陣を構える                                                                      　　シン公国とのめまぐるしい攻防。                                                                      　　そんな無益な戦いに終止符を打つべく、３体の若きロボットたちが                                                                      　　立ち上がった。