成功解决百变星和地球的危机之后，百变星的精灵和人类成为了友好的陀螺伙伴，以王子为首的光明精灵们希望复苏生命树重建家园，却遭到了一股神秘力量的袭击，陷入了昏迷。龙晨和千影被王子的表弟纳兹带到了百变星，帮助王子复苏了生命树，唤醒王子，同时激活了百变战陀真正的力量——神圣光纹。光纹圣地开启，王子必须通过光纹圣地的挑战，才能成为百变星的国王，龙晨和千影决定留下来帮助王子。在光纹圣地的过程中，龙晨发现有一名战陀手和自己长得一模一样，他的背后一股黑暗力量在蠢蠢欲动，这股力量还和地球的神秘组织有千丝万缕的联系，而且龙晨想不到的是抛弃自己的爸爸也是其中一员。如果再不阻止他们，地球、百变星都会受到威胁，所以人类和光明精灵必须再次强强联手，攻破敌人的阴谋，拯救自己的家园！

矿石病——那是会让人体逐渐结晶化直至死亡的不治之症。 罗德岛制药公司为研制出治疗矿石病的特效药物，并为解决天灾与矿石病带来的各种问题与争端、改善感染者的处境而不断采取着行动。                                                                      　　为阻止感染者组织整合运动的暴行，罗德岛与炎国城市龙门签订协议，为实现各自的目标而共同行动着。在经历了与米莎和碎骨的战斗之后，阿米娅无法接受现实，独自消沉着。而在另一边，罗德岛向分城废墟派遣的侦察小队，注意到了废城中出现的特异现象……

史雷（木村良平 配音）虽然身为人类，却在天族的养育下长大。人类无法感知到天族的存在，可史雷却因为其拥有的强大灵力而让这两个格格不入的种族产生了交集。为了解开遗迹崩塌的谜团，为了推进历史的前进，史雷踏上了旅途，并且在误打误撞之中拔起了石缝中的圣剑，成为了净化凭魔的导师。成熟冷静的米库里欧（逢坂良太 配音）、善良正义的少女艾利夏（茅野爱衣 配音）、开朗热情的罗洁（小松未可子 配音）、外表成熟个性却略显天真的莱拉（下屋则子 配音）、独来独往对人类缺乏信任的埃德娜（福圆美里 配音），一路上，史雷结识了一位又一位个性迥异的同伴，会有怎样的答案在终点等待着他们呢？

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!

本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始...