故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

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许多年过去，地球在Z战士的保卫下日渐和平与繁荣。某天，皮拉夫大王和他的爪牙历经千辛万苦来到神殿，找到了神仙与比克大魔王分身前制造的黑星龙珠。由于孙悟空的突然出现，皮拉夫慌忙之中许下让孙悟空变成少年模样的愿望。在此之后，黑星龙珠散落到宇宙各个角落，如果在一年之内无法找到七颗黑星龙珠的话，地球将会爆炸毁灭。情况危急，小悟空和孙女小芳开始了一段惊险刺激的宇宙大冒险。超级17号、邪恶龙等强大的对手接连出现，悟空面临更大的挑战……                                                                      　　本片根据鸟山明人气原著漫画《龙珠》改编，不过剧情并非鸟山明原创，系东映动画公司取得授权后全新创作的动画。鸟山明参与了部分的人设工作。

一场突如其来的神秘爆炸摧毁了X学院，X教授与Jean Gray失踪。镭射眼因此而意志消沉，领队的责任落在了野性的金刚狼的肩上。除了万磁王等一干强大敌人，金刚狼的过去也如幽魂般困扰着他。20年后，X教授从昏迷中醒来，看到的是一幅末日景象：巨大的机器人统治了世界，人类与变种人都濒临灭绝。X教授借助脑波机向现代的X战警传达指示：改变未来，拯救世界！ 　事件的背后隐藏着怎样的真相？ 　不请自来的白皇后又有何目的？ 　金刚狼能否率领X战警力挽狂澜？

结束了与魔人布欧的惨烈之战后，多灾多难的地球重归和平，而作为救世主存在的孙君（野泽雅子 配音）还生人间，和家人们过着无忧无虑的快乐生活。这边厢Z战士们安享太平，遥远的宇宙最深处，一个可怕的神明悠然苏醒。他是破坏神比鲁斯（山寺宏一 配音），嗜好美食又无比任性，稍有不满意的地方便面不改色地摧毁一颗星球以及上面的生命，堪称是界王神都不敢轻易招惹的可怕神明。受一个神秘之梦的侵扰，比鲁斯决定寻找强大的对手比试一番。他和随从维斯（森田成一 配音）来到了地球。孙悟空和伙伴们面临前所未有的挑战，而他将朝着神的境界全力冲刺……

西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。