ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。                                                                      　　击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。

曾经的一国之君意外身亡，穿越到魔法世界却成为手无缚鸡之力的婴儿？好吧，在壮阔而神秘的世界从零开始！比修炼更重要的是，他要先学会如何自己上厕所…离开襁褓成为强者，失去了尊贵王冠的他，用利剑为自己加冕！

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。                                                                      　　11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

心怀对同伴的思念，向自己所相信的道路前进！                                                                      　　经历了与黑暗公会“冥府之门”的激斗，以及与养育之亲“火龙伊格尼尔”的悲哀离别，                                                                      　　纳兹为了变得更强而与伙伴哈比一同踏上修行之旅。                                                                      　　另一方面，“妖精的尾巴”会长马卡洛夫突然下达了公会解散命令，自己也隐藏了行踪。                                                                      　　此后约1年，露西一边做着见习记者的工作，一边收集着散落大陆各处的旧时同伴的情报。                                                                      　　之后，在一年一度的“大魔斗演武”进行取材的某天，结束了修行的纳兹出现在露西面前！                                                                      　　宣告魔导士公会“妖精的尾巴”的复活，怀着同样的信念，纳兹、露西、哈比的寻找同伴之旅开始了！！

马德拉斯（小林沙苗 配音），一位行迹诡异的杀手，活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特（桑岛法子 配音），一笔价值不菲的遗产的唯一继承人，从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子，其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的，只有“马德拉斯”这一个名字。                                                                      　　一本神秘的绘本将玛格丽特带往了卡萨索尼卡，而国际犯罪组织安纺亦盯上了玛格丽特，他们派出了特务卡罗莎（森川智之 配音）潜伏在玛格丽特身边。在卡萨索尼卡，马德拉斯和玛格丽特终于相遇了，她们决定共同寻找绘本的起源和隐藏在其中的秘密，与此同时，马德拉斯和她的指导老师潘尼莎（雪野五月 配音）一起，揭露了安纺贩卖军火，并且想要掀起世界大战的巨大阴谋。