故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

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城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。

结束了与魔人布欧的惨烈之战后，多灾多难的地球重归和平，而作为救世主存在的孙君（野泽雅子 配音）还生人间，和家人们过着无忧无虑的快乐生活。这边厢Z战士们安享太平，遥远的宇宙最深处，一个可怕的神明悠然苏醒。他是破坏神比鲁斯（山寺宏一 配音），嗜好美食又无比任性，稍有不满意的地方便面不改色地摧毁一颗星球以及上面的生命，堪称是界王神都不敢轻易招惹的可怕神明。受一个神秘之梦的侵扰，比鲁斯决定寻找强大的对手比试一番。他和随从维斯（森田成一 配音）来到了地球。孙悟空和伙伴们面临前所未有的挑战，而他将朝着神的境界全力冲刺……

许多年过去，地球在Z战士的保卫下日渐和平与繁荣。某天，皮拉夫大王和他的爪牙历经千辛万苦来到神殿，找到了神仙与比克大魔王分身前制造的黑星龙珠。由于孙悟空的突然出现，皮拉夫慌忙之中许下让孙悟空变成少年模样的愿望。在此之后，黑星龙珠散落到宇宙各个角落，如果在一年之内无法找到七颗黑星龙珠的话，地球将会爆炸毁灭。情况危急，小悟空和孙女小芳开始了一段惊险刺激的宇宙大冒险。超级17号、邪恶龙等强大的对手接连出现，悟空面临更大的挑战……                                                                      　　本片根据鸟山明人气原著漫画《龙珠》改编，不过剧情并非鸟山明原创，系东映动画公司取得授权后全新创作的动画。鸟山明参与了部分的人设工作。

西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。

经历了惊心动魄的沙鲁之战，Z战士更新换代。地球在孙悟饭（野泽雅子 配音）和朋友们的守护下，迎来了七年漫长而又短暂的和平岁月。已变成俊朗青年的每天往返于学校，在此期间结识了撒旦的女儿比迪丽。伴随着全世界的呐喊，阔别已久的天下第一武道大会宣布再度召开。悟饭、比迪丽、18号悟天、特兰克斯甚至从另一个世界告假而来的孙悟空等Z战士高调参加比赛，令坐享其成的撒旦战栗不已。而在赛场上，两名奇怪选手的加盟则拉开了地球新一轮危机的帷幕。在此之后，来自外太空的邪恶魔法师巴菲迪登场，他利用邪恶手段复活了被界王神封印的恐怖对手魔人布欧（盐屋浩三 配音）。Z战士的最恶之战，地球危在旦夕……

在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。                                                                      　　变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。

作为一名超级英雄最大的任务是什么？当然是同恶势力战斗保卫世界和平！对此，天体战士桑雷德（高木骏 配音）却有着他的苦恼，不仅仅是因为在生活中，他是个没有工作的废柴，总是被女友内田加代子（锅井真纪子 配音）抱怨，还因为他最大的敌人班普将军（山田ルイ53世 配音），居然是街坊邻里间公认的超级好好先生。更让他感到无语的是，班普将军和内田加代子之间，居然建立了良好的邻里关系！                                                                      　　但是作为一名称职的反派，尽管面临着被教训和暴打的命运，班普将军还是一次又一次的向桑雷德呈递着挑战书，而在反复的交锋中，桑雷德和班普的友谊也渐渐地深厚起来。

星期日 更1

很偶然的情况下，蜜蜜露碰到了传闻中的司，但却发现司是个很难相处的人，而且在他身边的怪物更伤害了不少玩家。在数次接触后，蜜蜜露了解到司的遭遇和状况后，并愿意成为他的朋友……昂，也开始注意到司……                                                                      　　司被红衣骑士团定为危险人物，尽管昂竭力阻止，但司最终被制服并压入地牢……与昂的倾诉后，司对昂产生了信任和依赖的感觉……而此时，怀着不良意图的楚良正前往救司……                                                                      　　帮助司的希望被寄托在一些破碎的线索上。经过整理，BT解开曙光之眼的迷题，通向被遗忘的场所的门出现……在颠倒的空间里，司、贝尔和蜜蜜露遇见了语无伦次的哈罗露得修维克，但却得不到任何解释而失望……此时空间开始崩塌，在逃跑时，司被杀了……                                                                      　　尽管司并没有消失，但受到沉重打击的他再次选择了逃避。在迷惑、怯懦下停滞不前的司，得到朋友的鼓励和支持，终于重新振作。昂更为了司的事，与银汉不和，最后导致了骑士团的解散……而失去保护的昂，遭到了攻击……“为什么你会在这里？”“因为我觉得在这里的话，就能见到你。”司搂着昂遍体鳞伤的身体……昂哭了……                                                                      　　司带昂去见哈罗露得修维克口中的“她”（亚尔拉），但却发现她消失了……在昂离开后，由于背叛了“她”，司的精神被摧毁了……而另一面，贝尔找到了艾尔巴帮忙，当再次与哈罗露得修维克相遇后，昂意外地得知司是令亚尔拉苏醒的关键……                                                                      　　到了约定的时间，艾尔巴开启了通往最后战场的传送门……而神智恢复后的司，又一次失去了信心。但当听克里姆说了昂的事后，司在苦苦等待的昂的面前出现了……跟着，他们步入了传送门……