自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。                                                                      　　其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。

故事发生在位于千叶县的立总北高中内，小野田坂道（山下大辉 配音）是一名彻头彻尾的御宅族，沉迷于二次元文化之中。在小野田的整个初中时代，他都没有能够找到志同道合的同好，因此他做出了一个决定，那就是一定要在高中加入动漫社。哪知道动漫社因为人员不足而解散了，这让小野田好不容易燃起的斗智宛如浇了一盆冷水。                                                                      　　一次偶然中，小野田骑着自行车爬坡的姿态被骑行社的今泉俊辅（鸟海浩辅 配音）看到了，今泉是一位经验非常丰富的自行车运动员，从初中时代起就开始参加各类比赛，在小野田的身上，今泉看到了过人的骑行天赋，于是决定游说他加入骑行社。

距离极尽繁荣与荣华的人类文明迎来末日，已经经过了漫长的岁月。人类几乎死绝，就连生物都消失的迎来末日的世界。复杂建造的都市化作宛如迷宫的废墟，无从整备的机械也渐渐停止了动作。是何时结束的呢，是从何时开始结束的呢，就连这种想法也不复存在的终末世界中，有两位少女漫无目的地持续着旅行。千户与尤莉，今天也乘着爱车Kettenkrad，在废墟当中彷徨。                                                                      　　在终末世界中温暖地求生的反乌托邦幻想剧，就此开幕。

故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。                                                                      　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。                                                                      　　然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。                                                                      　　在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。                                                                      　　而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……                                                                      　　迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———                                                                      　　所有的答案，都在「Link Vrains」中