工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

在现代的数字社会，使用瓦尔特P-38手枪开着老爷车的鲁邦三世使用互联网与众多数字移动终端来面对敌人。神出鬼没、异想天开、大胆妄为的大大盗鲁邦三世在新时代的法兰西的前所未闻无法预测的故事再次拉开帷幕！鲁邦三世和次元大介在法国。故事从法国乡下阿帕特曼的一间房间里开始。这是一个什么都能买到毒品、枪支等违法的东西的黑暗网站，“马尔科普”。为了盗取数字虚拟货币，鲁邦一伙儿侵入了网站经过重重戒备的巨大服务器。在那里遇到的是神秘的天才黑客少女，埃米。鲁邦和埃米一起，去了马可波罗的陷阱。根据敌人所进行的“鲁邦游戏”，被全世界监视的梅……埃米身上的谜团逐渐揭露，还有知晓鲁邦三世的过去的男人的出现、鲁邦遇到了前所未有的窘境。