故事讲述拿自己的记忆与女神做交易，从异世界转生而来的召唤士「凯尔文」，虽然失去了所有记忆，却拥有史上最强的技能组合以及爱好「战斗」的热血精神。身为最下级的冒险者，为了升级勇敢挑战不可能的任务与最强对手。不仅跟转生女神缔约，还一一收服了贪食史莱姆、黑灵骑士等魔兽，并且率领这些部下展开了一段精彩刺激的神奇冒险旅程。

故事发生在一座风景秀丽的小岛之上，古森太郎（小野贤章 配音）、中岛匡幸（福山润 配音）和大神信（保志总一朗 配音）是生活在这里的三位少年，每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。                                                                      　　某日，厌倦了一成不变无聊生活的三人聚集到了一起，前往传说中的诅咒之地探险，在“现世”和“幽世”的交接处，三人目睹了十分恐怖而又充满了痛苦的景象。恐惧之中，三人匆忙逃跑，却发现灵魂竟然脱离了肉体，当他们再度找回肉身之后，一切都改变了，三人获得了自由穿梭于两个世界的特异功能。与此同时，古森太郎曾经遭遇过的绑票事件的真相重新浮出了水面。

创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。                                                                      　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。                                                                      　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。                                                                      　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。                                                                      　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。                                                                      　　某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？