AKB0048 2013 下一站见

平成元年四月，辽西中学学生日高一平与对手（同时也是其好友）黑木凯争夺日本武道大赛冠军。比赛正进行到白热化之时，二人被一阵白光包围，同时消失。

主人公·翔子是就读于流星学园中等部的中学生。和她很亲密的姐姐·响子，自从5年前去海外留学后就失去了行踪。某天，身份不明者突然袭击了翔子。袭击了她的是过去被女神雅典娜所封印的邪神厄里斯的手下·邪精灵。于是翔子得知了雅典娜以及圣斗士、圣斗少女的存在，同时也知道了自己和姐姐的残酷宿命。灵魂被封印的邪神厄里斯即将复活，邪精灵们也变得活跃。在星矢等人展开银河战争以及与十二宫的恶斗的另一面，沙织和圣斗少女借助黄金圣斗士的力量，展开了与邪精灵的壮烈战斗！
并且，恶之撒加也有了复活的征兆……。将一切的钥匙掌握在手的，是为了成为圣斗少女而刚刚开始锻炼的翔子！即使被残酷的命运击倒，少女们仍然反抗命运。少女们与诸神的壮烈战斗物语开幕！

西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。                                                                      　　最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。                                                                      　　14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。                                                                      　　ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。

1945年，第二次世界大战由于黑月与幻兽的出现而意外终结。50年过去了，曰本仍然持续着与幻兽的激烈交战。                                                                      　　远离战场前线的青森尚未出现过幻兽。毕业于东京军官养成学校“振武台”的精英女士官石田来到青森就任第108警护师团第4中队的中队长。可是在这个毫无实战经验的中队里，大部分队员都散漫松懈。就在这个时候，幻兽突然出现。在石田的指挥下，第4中队全体出击，可是第一次面对幻兽的队员们，他们采取的行动却令人意想不到……