故事发生在樱丘高中，围绕着由五个成员组成的轻音部展开。这支名为“放学后茶会”的乐队中，担任吉他和主唱的是天然呆少女平沢唯（丰崎爱生 配音），担任贝斯手的是稳重但容易害羞的秋山澪（日笠阳子 配音），担任鼓手的部长，是非常有活力的田井中律（佐藤聪美 配音），温柔热情的键盘手是琴吹紬（寿美菜子 配音），吉他手是学妹中野梓（竹达彩奈 配音）。新学年开始，除了小梓，大家都升上三年级，还被分到了同一个班级。然而要是再不招揽新成员入部，来年四名成员毕业离校，轻音部就要面临废部的命运了。

三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。

战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者，经过激烈的战斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后，我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下！”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗，并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成“牙鬼军团”， 为了让“牙鬼幻月”完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击！紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔，也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们！“当忍则忍，可不忍则不忍！” 三代同堂，用火热的“忍者心”（Nintality）以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪！为了继承祖父的“终结忍者”这个封号，也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活， 他们不仅不忍，还要大肆反击！

本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。                                                                      　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。                                                                      　　这一切都是命运石之门的选择。

2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！

遠き過去。とある惑星にて文明を築きし「ゼノ・パレス」は、その文明の発展ゆえに自らの母なる惑星を壊し、自分たちの生き残る道を宇宙へと求めた。彼らは自分たちの遺伝情報を移民戦艦に封印。一部の選ばれた民が船を動かすために動き、他の民は彼らに希望を託して永い眠りにつく。                                                                      　　選ばれた民である移民船の乗組員たちの目的はただ一つ。宇宙のどこかにあるという、彼らを受け入れし「約束の星・テーラ」を探し出すこと。そしてテーラへの移民だった。                                                                      　　そして、ついにテーラは見つかる。しかしそこには独自の進化を遂げた初期段階文明の人間たちがいた。この事実に「ゼノ・パレス」は真っ二つに分かれる。一つは初期文明の人間を抹殺もしくは支配して移民をすぐさま完成させようとする強硬派。もう一方は長い年月をかけた話し合いによって現地文明と歩み寄り解決を見出そうとする穏健派だった。                                                                      　　二者の争いは戦争にまで発展。しかし争いに長ける事の無い穏健派は全く逆の強硬派に押されていく。そして穏健派は滅びの寸前に最後の手段を強行した。それは自らの持つ三体の「ゼノンズ・ガーディアン」と呼ばれるロボットとそれを格納する戦艦をテーラに飛ばし、原住民に託して強硬派と戦わせることだった。                                                                      　　流れる星となってテーラに落ちる「ゼノンズ・ガーディアン」は、その星で「日本」と呼ばれる国の蝦夷地、江戸、薩摩と呼ばれる土地に落ちた。そして、ロボットと戦艦はその地に生きる原住民たちの手によって地中深くへと封印されたのである。それが江戸時代のことであった。                                                                      　　そして時は流れて現在。ついに準備を整えた「ゼノ・パレス」は地球侵略の狼煙を上げる。テーラと呼ばれし星・地球が危機に陥ったとき、北海道、東京、鹿児島のそれぞれの土地から、その命運をかけて希望の光が飛び立つ！

舞台是近未来的日本，过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现，便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮，上面刻着神代文字“使用者　REIDEEN”。与此同时，巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……

故事发生在充满了浪漫气息的绸织高校，作为一名转学生，周围的一切对于青叶陆（宫野真守 配音）来说都充满了新奇。新的同学，新的老师，虽然有些奇怪但十分有趣的学校制度，即使有时候会被调皮的同伴恶作剧，但总的来说，陆在绸织高校的生活还是非常的快乐。                                                                      　　对于高中生来说，校园恋爱是一项不可缺少的美好回忆，在学校里，陆认识了一群可爱的女孩子们。各方面都十分优秀的完美女孩天宫小百合（牧岛有希 配音），古灵精怪的运动型少女春日司（吉川友佳子 配音），个性沉默但内心单纯的弥生水奈（藤田咲 配音），徘徊在三个女孩之间，陆逐渐的迷失在了自己真正的心意之中。

在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）

忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 　　街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 　　だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 　　しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 　　…なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 　　世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！