故事发生在明朝，皇帝（宋运成 饰）病重昏迷，皇位悬而未决，此事搅得朝中人心惶惶。在这个节骨眼上，京城之内发生了连环杀人案件，朝廷委托京师六扇门调查此案，捉拿凶手，以平民怨。申梓木（黄文豪 饰）是六扇门的统领，深知此案件蹊跷必会牵连到宫墙之内，本想草草了事结案，没想到自己的儿子申力行（林峰 饰）被牵扯其中。在父子两人的协力合作之下，案件水落石出，却也令皇后曾经犯下的罪行重新浮出水面。申梓木遭人暗害，悲痛之中申力行将来龙去脉禀报苏醒的皇上，使得皇位落入了齐王（方中信 饰）手中。一次偶然之中，申力行发现父亲的死和齐王有着牵扯不清的关系，此人极为阴险狡诈，是事件背后的真正黑手。

张小凡（李易峰 饰）本是一介平凡的少年，在草庙村过着平静的生活。然而，一场屠村惨案让张小凡失去了父母和朋友，并在机缘巧合之下得到了珍贵的嗜血珠。和幸存的好友林惊羽（成毅 饰）一起，张小凡来到青云门拜师学艺，他满心仇恨想要替双亲报仇，殊不知这盲目的戾气会领他步入歧途。一眨眼入师门已经数年，可张小凡却一事无成，某日，他意外得到了法宝魂摄，哪知魂摄和嗜血珠融为一体，成为了张小凡最得力的武器。张小凡和陆雪琪（杨紫 饰）等一行人结伴调查魔教下落，期间，张小凡三番五次救陆雪琪于危机之中，陆雪琪芳心暗许。之后，张小凡又结识了名为碧瑶（赵丽颖 饰）的女子，两人情愫渐生，可是碧瑶的父亲是十恶不赦的鬼王，为了铲除青云门，鬼王设下了一个又一个圈套。

企鹅影业宣布将继续和欢瑞世纪合作开发《盗墓笔记之云顶天宫》、《诛仙青云志2》。