相传在我国古代曾有一个名叫秦宁的诸侯国。秦宁王连生三位公主，王位后继无人。奸臣吴贵伺机图谋篡位，大肆贪污水利款，扩充自己势力，导致洪水泛滥；他还利用百姓迷信、恐惧心理，串通国师装神弄鬼，嫁祸刚刚出生的三公主，说她是祸国殃民的灾星，要将她祭河神。护国公暗地保护，使三公主逃过一劫，自此流落民间。三公主被香山脚下宋药师收养长大，与宋药师的儿子宋多青梅竹马，互生爱意。不料宋母棒打鸳鸯，逼她离家出走。受尽磨难的她在护国公的帮助下恢复公主身份。她生性善良，体恤百姓疾苦，深得百姓拥戴。奸臣吴贵为达篡位目的，勾结外敌兴兵作乱，逼迫三公主嫁给自己的儿子。三公主为了平息战乱，让百姓过上太平日子，不惜大义赴死，留下了一段凄美的千古传奇。

《只因君心知我心》以戏中戏开场，选取了当下观众较为喜爱的穿越、搞怪、甜宠、女扮男装、虐恋等狗血剧情。讲述某地影视城拍摄片场，女演员苏七七（范奇饰演）拍摄一场落水戏份，穿越之后在湖边遇见正在沐浴的赫连王子（赫连城，柳志威饰演），以为还在拍戏片场，拿走了赫连王子的衣服取暖，被赫连王子追进了楚王府。楚王府大殿下楚宸君（王皓轩饰演）看到苏七七身上有北戎赫连王子的腰牌，误将苏七七当成赫连王子，发生了一系列巧合又搞笑的狗血故事。而隐藏在楚王府的刺客竹影误以为苏七七是赫连王子，准备刺杀苏七七，大殿下楚宸君前来搭救发现了苏七七女儿身被其假小子的性格特质所吸引，令苏七七留在身边做自己的婢女，苏七七总想找机会逃离楚王府，奈何有侍卫萧玄看守。苏七七发现郡主楚月珊（楚宸君的妹妹）喜欢侍卫萧玄，答应协助郡主与萧玄走到一起换取自己离开王府的机会，二人因此成为好姐妹。