1939年，中国国内的局势宛如一个巨大的漩涡，各方势力裹挟于此，拼死角力，一着棋错，满盘皆完。沉默冷静的方滔（吴秀波 饰）是这场角力中的一枚棋子，也是至关重要的一着。他有着多重身份，表面上是比利时使馆中的职员，暗中的身份既是共产党的狙击手，又是军统的特务，更是一名青帮成员。没人知道他的真实身份，也没人能轻易逃出他的狙杀。 　　随着全国上下抗日情绪的高涨，军统与中共方面针对汪伪政权的锄奸行动也紧锣密鼓地展开了。另一方面，日寇也对革命中的关键人士展开追捕和暗杀。方滔就这样被推向历史的前列，做着惊世骇俗却又鲜为人知的神秘工作……

1949年，新中国成立在即，地处华南的冷江市，国共两党还在进行最后的较量。为了解放冷江，我军张志坚师长和国军蔡英豪师长领兵激战。由于地形易守难攻，我军遭受重创，暂时撤退。冷江市内的地下党积极展开工作。傅品千表面是教会医院院长，在这个身份的掩饰下，他做了多年的地下党工作，为了不让人民受更多的战事之苦，傅品千全身心为和平解放冷江奔走着。我党人员始终坚持把人民利益放在第一位，而国民党内部为了各自的利益四分五裂。傅品千等人经历重重困难，终于成功收编了几千人员的土匪队伍，揭开了日军残余队伍的秘密，促进了国民党蔡英豪、鲁多云领兵起义，在新中国成立前向党交出漂亮答卷：和平解放冷江！

海昌是我国新兴沿海城市，也是境外间谍组织关注的重点，随着国安局一名侦察员的意外失踪，拉开了一场反谍大战，李厅长（巫刚 饰）责成武梅（刘佳 饰）组成专案组进行调查。一艘渔船在我“探索一号”科考船附近意外打捞起一只奇形怪状的“水母”，深海研究院的总工程师岳诚（李进荣 饰）率众专家对其展开了攻关。境外间谍头目彼得森命令海昌潜伏特务王维韬（王志文 饰）不惜一切代价夺回隐藏在“水母”中的核心机密。经过一番斗智斗勇，狡诈的王维韬最终落入法网，但武梅却发现了隐藏在表面案伴背后更大的阴谋，敌人已将多枚水母投放到我国海域，以窃取我海洋信息，武梅认识到，更大的对手即将出现......

1941年秋，大批日战机猛烈轰炸成都。百年老字号锦江春的少掌柜杨少诚亲眼目睹驻防司令叶怀忠的吉普车发生大爆炸。叶司令当场炸死，副官凌辉浑身是血受了重伤。少诚送他去了医院。军统站副站长陈剑锋赶到未来岳父叶司令的被炸现场，吃惊的发现吉普车底下隐藏了一枚德国产的定时炸弹残骸，他立刻意识到，这是一起谋杀。医院里凌副官看到行动队长许尔根带人闯了进来，偷偷将一个美式烟盒放到了少诚的口袋里。许尔根将少诚和凌辉带回军统站审讯。叶司令的女儿叶眉在军统站做机要员，她得知少诚救了共党潜伏在司令部的特工凌辉，持枪闯进审讯室，要枪毙少诚，被陈剑锋劝住。

上海名媛吕晗芝因父亲被汉奸杀害，家道中落，从此走上了抗战的道路。因缘际会，与吕晗芝命运紧密相关的两个男人，却分别属于两大敌对阵营。表面上为汉奸做事的高晨，实际上是中共地下党的情报人员。表面上抗日锄奸的韩寿民，虽然曾是国民党军统优秀特工，但逐步被汪伪特务组织设计陷害，走上叛变投敌的不归路。这三人的情感关系在抗战的时代背景之下充满变数。吕晗芝徘徊在中共和军统的两大谍报高手之间，逐步从不谙世事的名媛成长为一名出色的谍报人员。吕晗芝身处汪伪与抗日势力的血腥搏杀之中，扑朔迷离的人物身份，生死相搏的卧底生涯，使得她在残酷的斗争中几经波折，逐步成熟。最终在中共党组织的帮助下，吕晗芝找到了自己的信仰，成为了一名周旋于上海上层社会的中共优秀情报人员  。