从地球诞生之初，一种奇怪的生物便出现在这颗蓝色的星球上。他们不断进化、蜕变，终于成为我们所熟悉的小黄人的模样。小黄人们毕生寻找邪恶的老大，以成为他的部属为荣，但是千百万年来的努力最终化成一场空。经历了一段长久的沉寂，名叫凯文的小黄人决定再度上路，他带着热爱音乐的斯图尔特、成事不足败事有余的鲍勃，漂洋过海来到了1968年的美国。三个小家伙偶然听说奥兰多即将召开“恶人大会”，于是忙不迭地赶了过去，并且阴差阳错成为女魔头斯嘉丽·杀人狂（桑德拉·布洛克 Sandra Bullock 配音）的随从。很快斯嘉丽交给他们一个任务，那就是窃取英国女王的王冠。

号称世界最强的特工兰斯·斯特灵（威尔·史密斯 Will Smith 配音）身形矫健，手法绝伦，虽然独来独往，行踪诡秘，却凭借过往的辉煌成绩在特工届声名远播。可是就是这么一位顶尖高手，却遭到别有用心之人的陷害。为了躲避追捕，他只得求助于看似平平无奇的科学家沃尔特（汤姆·赫兰德 Tom Holland 配音）。沃尔特不善交际，深居简出，但他那灵光的脑袋藏着无数的创意和发明。通过他的的帮助，兰斯被变成了一只鸽子。                                                                      　　一人一“鸟”通力合作，与藏在幕后的黑手展开对决……

在亚马逊丛林腹地，探险科学家图里奥（罗德里格·桑托罗 Rodrigo Santoro 配音）和琳达（莱斯利·曼恩 Leslie Mann 配音）发现几近灭绝的野生蓝色斯皮克斯金刚鹦鹉。夫妻俩通过电视向全世界宣布这一惊人消息，看到这一幕的珠儿（Anne Hathaway 配音）劝说丈夫布鲁（Jesse Eisenberg 配音），打算带着三个调皮可爱并且已经习惯了人类文明世界生活的鹦鹉小宝宝，回到它们生长千百年的故乡寻找同类。鹦鹉一家说走就走，和它们的好朋友踏上充满惊险和乐趣的空中旅程。与此同时，某非法砍伐团体看到新闻，为防止图里奥夫妻阻挠他们的罪行，他们也悄悄采取行动。另一方面，与布鲁积怨已久的葵花凤头鹦鹉奈杰发现布鲁的踪迹，也愤然采取行动。 布鲁一家最不平凡的假期，正朝着意想不到的方向发展……

故事发生在一座名为伊奥鲁夫的城市中，在这里出生的人们拥有无限的寿命，外表却会定格在15岁的模样，玛奇亚（石见舞菜香 配音）就是这样一个土生土长的伊奥鲁夫少女。一天，为了抢夺永生之血，梅萨蒂军乘坐着古代神兽对伊奥鲁夫发动了空袭，造成了惨重的损失，玛奇亚的好友蕾莉亚（茅野爱衣 配音）被掠走了，和蕾莉亚一起失踪的，还有玛奇亚暗恋的少年克里姆（梶裕贵 配音）。                                                                      　　在黑暗的森林里，幸存的玛奇亚捡到了一名男婴，他的双亲在之前的袭击中丧生了。玛奇亚以母亲的身份收养了他，给他取名为艾瑞尔（入野自由 配音）。

影片以海贼、海军、革命军争夺霸权的祭典“海贼世博会”为舞台展开故事，路飞等人此次面临的强敌是罗杰海贼团前成员，巴雷特。