在一个电闪雷鸣的日子里，身陷囹圄的一只耳成功越狱，引起黑猫警长的高度重视。次日一早，崇拜黑猫警长的小猪三嘟被伙伴大壮拉走，偷偷进入了即将开幕的翡翠之星博物馆。博物馆的前身是一座宇宙飞船，六十年前由羊山博士亲手开发。正当他们玩得不亦乐乎的时候，两个小家伙突然看见了鬼鬼祟祟的一只耳以及一个身材魁梧穷凶极恶的邪恶之人。这个家伙声称曾遭羊山博士背叛，当得知羊山博士已经去世的消息，他一腔怒火无处宣泄。狡猾的一只耳怂恿对方将复仇对象转移到全城人们，等后天博物馆开幕之际将市民全部绑架。

黑梅花国和红桃国两个首脑划分版图时为一座小岛的归属，在谈判桌上最终撕破脸皮，双方在海陆空三线发动全面战争。在一次空军的战斗中，黑梅花国的飞行员遭遇红桃国的飞行员，两人在万米高空展开你死我活的较量，两架飞机在激战过程中双双坠地，俩人意外的被绑在同一个降落伞上才得以逃生。等俩人发现流落到一个无人荒岛时，他们只能放下手中屠刀，化干戈为玉帛。在远离硝烟的荒岛上，他们忘掉了战争，忘掉了伤痛，只有和平和自由的生活。可是战争并没有远离他们，一天，两人目睹附近海面两国一次大规模海上交战，两个心里对这场战争的意义产生怀疑，当第三国黑桃国的救援队来到小岛上时，两人却选择了……

刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开……本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。

在一个电闪雷鸣、大雨瓢泼的夜晚，相貌凶恶的大马猴和二狗两个坏家伙驾驶汽车飞驰在森林中间的小路上，后座上放着一只他们极为看重神秘箱子。谁知半路突发意外，他们的车子被撞毁，箱子也飞到了森林中央。与此同时，光头强从李老板那里得到一套超先进的伐木工具，他冒着大雨赶赴林间作业，结果遭遇熊大和熊二的阻挠。两只熊抢走了工具箱，光头强急忙追上前去。混乱之中，工具箱和大马猴他们的搞混，被光头强阴差阳错带回家中。第二天一早，光头强突然发现家里多了个小女孩，原来这正是大马猴和二狗两人绑架而来的孩子。