在一个电闪雷鸣的日子里，身陷囹圄的一只耳成功越狱，引起黑猫警长的高度重视。次日一早，崇拜黑猫警长的小猪三嘟被伙伴大壮拉走，偷偷进入了即将开幕的翡翠之星博物馆。博物馆的前身是一座宇宙飞船，六十年前由羊山博士亲手开发。正当他们玩得不亦乐乎的时候，两个小家伙突然看见了鬼鬼祟祟的一只耳以及一个身材魁梧穷凶极恶的邪恶之人。这个家伙声称曾遭羊山博士背叛，当得知羊山博士已经去世的消息，他一腔怒火无处宣泄。狡猾的一只耳怂恿对方将复仇对象转移到全城人们，等后天博物馆开幕之际将市民全部绑架。

莱克斯·卢瑟带领的末日军团遇上黑暗君主达克赛德，这次又会对正义联盟的小伙伴们造成什么麻烦呢？

一面以光鲜的富豪公子哥面目示人，一面又披上蝙蝠侠的斗篷主持正义，布鲁斯·韦恩（杰森·奥玛拉 Jason O'Mara 配音）在光明和黑暗的道路上孤独奔走。为了防止“刺客联盟”的后代达米安（斯图尔特·艾伦 Stuart Allan 配音）走上歪路，他对达米安进行着艰苦而严格的训练。直到追查变态狂魔Dollmaker的过程中，这个恶棍被猫头鹰Talon（杰瑞米·西斯托 Jeremy Sisto 配音）杀害，蝙蝠侠却一度认为罗宾下此毒手，这令达米安心中的不满和愤懑与日俱增。随着时间的流逝，布鲁斯和达米安之间的分歧与误会似乎越来越深，随着Talon再度出现，少年心中的迷茫更加深了一层。这对孽缘一般的父子，注定要经历最为难耐的一段磨合时期……

漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。

本片讲述的是蝙蝠侠（罗杰·克雷格·史密斯 配音）以及罗宾联合正义联盟成员闪电侠以及绿箭侠一起对抗被称为Animilitia的犯罪组织。该犯罪组织都是由一些动物性的成员组成，包括银背大猩猩、猎豹女、杀手鳄鱼等，他们在高谭市作恶多端，一般警察对他们束手无策。而且该组织背后的主谋却指向蝙蝠侠的宿敌，同时也是高谭市叱吒风云的黑道大亨企鹅人（Dana Snyder 配音）。除了Animilitia组织，蝙蝠侠他们这次还要面对奥斯瓦德公司的商人新发明的邪恶网络动物机器人，一群犯罪恶势力再次聚集在高谭市。

Despite his tarnished reputation after the events of The Dark Knight, in which he took the rap for Sang crimes, Pororo feels compelled to intervene to assist the city and its police force which is struggling to cope with Spectra plans to destroy the city.