距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障，拜托里克把“人类的心”告诉自己。机凯种少女的单纯与真诚，使得里克对休比逐渐放下戒备、敞开心扉，二人感情亦日渐升温。最终二人带领人类共同面对终极一战，少女休比也将面临恋人与生命的残酷抉择。末日来临，在251秒的时间里，赌上一场深情告白。

故事发生在一座名为伊奥鲁夫的城市中，在这里出生的人们拥有无限的寿命，外表却会定格在15岁的模样，玛奇亚（石见舞菜香 配音）就是这样一个土生土长的伊奥鲁夫少女。一天，为了抢夺永生之血，梅萨蒂军乘坐着古代神兽对伊奥鲁夫发动了空袭，造成了惨重的损失，玛奇亚的好友蕾莉亚（茅野爱衣 配音）被掠走了，和蕾莉亚一起失踪的，还有玛奇亚暗恋的少年克里姆（梶裕贵 配音）。                                                                      　　在黑暗的森林里，幸存的玛奇亚捡到了一名男婴，他的双亲在之前的袭击中丧生了。玛奇亚以母亲的身份收养了他，给他取名为艾瑞尔（入野自由 配音）。

高一那年夏天，帆高（醍醐虎汰朗配音）离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女阳菜（森七菜配音）。「等等就会放晴了喔。」阳菜这样告诉着帆高，不久，头顶的乌云逐渐散去，耀眼的阳光洒落街道……原来，阳菜拥有「改变天气」的奇妙能力……

影片以海贼、海军、革命军争夺霸权的祭典“海贼世博会”为舞台展开故事，路飞等人此次面临的强敌是罗杰海贼团前成员，巴雷特。