大陆某部级高官涉嫌指派情妇来港洗钱，且金额巨大。为此，ICAC（廉政公署）陆志廉（古天乐 饰）和JFIU（联合财富情报组）刘保强（张智霖 饰）联合展开调查。可就在此时，陆被指控巨额财产来路不明，遭到廉政公署L组（内部纪律调查组）程德明（郑嘉颖 饰）的调查，并最终得到停职的处分。为证明自己清白，陆志廉千方百计找到举报自己的女孩Eva（邓丽欣 饰），发现这一切都与正在调查的洗黑钱案件息息相关。未过多久，中国反贪局侦查处处长洪亮（丁海峰 饰）也来到香港，其矛头正是洗钱案的幕后首脑张部长（冯雷 饰）。
廉政公署收到报案人廖雨萍（周秀娜饰）的实名举报，举报正在坐牢的富二代曹元元（林峯饰）涉嫌行贿监狱里的监督沈济全（谭耀文饰）以及惩教员，首席调查主任陆志廉（古天乐饰）决定深入虎穴，卧底狱中。在监狱里，被陆志廉送入监狱的前警司黄文彬（林家栋饰）以及曹元元两大帮派势成水火，陆志廉趁机接近曹元元取得信任。同时监狱外的廉政公署总调查主任程德明（郑嘉颖饰）、国内反贪局行动处处长洪亮（丁海峰饰）也陆港联手，通力合作，最终成功破获贪腐行贿大案。
1997年回归前夕，多方势力矛盾激化，暴力事件频发。
杜奕天领命卧底，靠着自身过硬的本领逐渐得到了集团二号人物林国荣的信任。却不想三号人物洪康为了上位，挤掉林国荣，设计陷害林国荣和杜奕天，使其遭追杀。逃亡过程中杜奕天竟无意中在林国荣的手机里发现了惊天机密，而自己的卧底身份，也被洪康发现了......
郭豪盗取了四海集团的巨钻九龙壁，原想了结个人恩怨后决定金盆洗手。国际刑警也追查了四海集团很久，由于梁生大律师的身份，一直为黑蛇的不法行径洗白，所以始终没有得到有效证据。郭豪盗取了九龙壁，回程路上遇上黑蛇手下，郭豪偶遇林悦，两人假扮情侣躲过追踪。梁生发觉警方介入调查，主张暂避锋芒，放弃了钻石。黑蛇对梁生的做法感到不解，与梁生产生了分歧。黑蛇的杀手集团与郭豪展开激烈角逐，郭豪意识到行动的危险，让助手安宁暂时躲避。未料，铁虎出手杀死安宁。郭豪悲愤不已，而此时黑蛇抓了林悦，约郭豪见面。郭豪与警方取得联系，对黑蛇实施抓捕，黑蛇最终落网。郭豪为救林悦，倒在血泊中。林悦伤心欲绝，失声痛哭。
