飞虎队督察Mike（王敏德）被下放到环境复杂的红番区后，成为一群散漫的生番警察的领导，这群人中尤其烂鬼东（黄秋生）最让他头痛，此人曾殉私让其杀了人的黑帮好友Roy（张耀扬）潜逃，初来乍到时，Mike吃尽他带头搞的苦头。Roy的心腹图钉华（谭耀文）借大佬潜逃坐上第一把交椅 ，成为Mike等人眼中的头号敌手。

重案组布网围剿国际毒枭，突然杀出一组蒙面悍匪“黑吃黑”，更冷血屠杀众警察。重案组督察张崇邦（甄子丹 饰）亲睹战友被杀，深入追查发现，悍匪首领竟是昔日战友邱刚敖（谢霆锋 饰）。原来敖也曾是警队明日之星，而将敖推向罪恶深渊的人，却正是邦。宿命令二人再次纠缠，一切恩怨张崇邦如何作出了断……

巍巍京城，气势磅礴。时有捕神（成泰燊 饰）率领的六扇门，高手云集，作风凌厉，成为朝廷只手遮天的人物。是时京城伪造铜币泛滥，六扇门头号捕快冷血（邓超 饰）策划抓捕疑犯，结果在醉月楼与另一组人马大打出手。对方是诸葛正我（黄秋生 饰）统领的神侯府，手下更有无情（刘亦菲 饰）、铁手（邹兆龙 饰）等身怀绝技的高手。捕神对神侯府的目的颇有猜疑，遂假意赶走冷血，令其潜入神侯府调查诸葛之真实目的。在此之后，冷血与无情、铁手以及江湖中人追命（郑中基 饰）组成四大名捕，声名显赫，而来自六扇门的姬遥花（江一燕 饰）似乎又暗藏不可告人的秘密与阴谋……

这是吴镇宇首次执导的影片，导演企图通过片中人物的交流、命运来揭示环境变迁、社会进步给人带来的枷锁，呼吁人们相互之间彼此信任。烂头（吴镇宇 饰）是一名普通的香港警察，他的佩枪编号9413,似乎冥冥中就注定了他的悲剧命运。烂头现在的精神几近崩溃，已经丧失了全部记忆。他唯一的办法就去寻求心理医生的帮助，他一直想逃离自己现在的生活状态——肮脏、迷乱的世界，但是他又似乎永远都无法回到自己过去那个干净明亮的世界……

大陆某部级高官涉嫌指派情妇来港洗钱，且金额巨大。为此，ICAC（廉政公署）陆志廉（古天乐 饰）和JFIU（联合财富情报组）刘保强（张智霖 饰）联合展开调查。可就在此时，陆被指控巨额财产来路不明，遭到廉政公署L组（内部纪律调查组）程德明（郑嘉颖 饰）的调查，并最终得到停职的处分。为证明自己清白，陆志廉千方百计找到举报自己的女孩Eva（邓丽欣 饰），发现这一切都与正在调查的洗黑钱案件息息相关。未过多久，中国反贪局侦查处处长洪亮（丁海峰 饰）也来到香港，其矛头正是洗钱案的幕后首脑张部长（冯雷 饰）。

章在山（刘德华 饰）是香港警队“爆炸品处理科”的一名高级督察。七年前，他潜伏到头号通缉犯火爆（姜武 饰）的犯罪团伙中，在一次打劫金库的行动中，章在山表露了其拆弹组卧底的身份，与警方里应外合，成功阻止炸弹引爆，并将火爆及其弟的犯罪组织一网打尽，可惜在千钧一发之间，火爆逃脱并扬言誓要报仇。复职后的章在山很快被晋升为警队的拆弹专家。七年后，香港接二连三遭遇炸弹恐怖袭击，警方更收到线报大批爆炸品已偷运入港，一切迹象显示香港将有大案发生。就在香港人心惶惶之际，城中最繁忙的红磡海底隧道被悍匪围堵拦截，数百名人质被胁持，终于现身的火爆威胁警方炸毁隧道。章在山唯有将火爆绳之于法，才能拆解这场反恐风暴背后的惊天阴谋。

武林在经历连番血战平静了三十年后，七十二路烽烟再起，掀起了又一轮征伐。其时有书生方红叶（刘兆铭 饰）撰写系列武林秘记《红叶手札》，专事披露武林秘史。某日，一家书店受托印制红叶手札，不想店长等人却招来杀身之祸，七十二路烽烟之十色旗主田风（黄树棠 饰）部下将杀害店长之凶手截杀。几日后，沈家堡堡主沈青（张国柱 饰）向田风求援，女侠青影子（米雪 饰）随田风等人赶至沈家堡，与先行受邀抵达的方红叶一同会见沈青。昔日兴旺的沈家堡已人去堡空，原来沈青幼年时，沈家受了杀人蝴蝶的诅咒，如今诅咒兑现，杀人蝴蝶潜入沈家堡各处行凶。田风等人出于江湖道义留下探究蝴蝶杀人之根由，却不知陷入了沈家堡与天雷堡的一场隐秘仇怨……

从警十七年之久的王伟业（吴彦祖 饰），因为童年和家庭的原因，内心极度不安的他同时秉持着绝对的正义感，以致于其待人接物过程中矫枉过正，与同事交流多有不畅。在驻守急诊室的某个夜晚，伟业为某个急需稀有血型的重伤患者输血，谁知对方是作恶多端的银行抢劫团伙鬼王党的头目韩江（张家辉 饰）。伟业因此受到同事的谴责，而不久后韩江还偷偷溜走，旋即率领同伙犯下滔天大案，伟业的同事更在交火中火焚而亡。人在做，天在看，彪悍跋扈的韩江也从没想过自己会被欲望无情吞噬。另一方面，伟业的精神状况愈加令人堪忧，他拒绝接受心理辅导，宛如鬼魅一般执着地追踪韩江的同伙。

香港证券商人罗敏生（刘青云 饰）驱车上班途中遭遇车祸，这起看似平平常常的车祸却引来反恐队的关注。原来警方在罗的车内发现军用窃听器，反恐队长何智强（古天乐 饰）怀疑有人正在策划恐怖袭击。随着何的调查，始终藏在暗处监视窃听的退伍军人司马念祖（吴彦祖 饰）也渐渐浮出水面。与此同时，罗将被窃听的消息告诉了“地主会”的元老们，这是一群自70年代起便操纵香港金融的业界精英，如今更成为只手遮天的抢钱大亨。地主会遭人窃听，无疑预示着他们的各种黑幕将大白于天下。

童年兄弟意外失散，30年后因一桩罪案相见，两人已身处不同阵营。随着对罪案调查的深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面。

武林在经历连番血战平静了三十年后，七十二路烽烟再起，掀起了又一轮征伐。其时有书生方红叶（刘兆铭 饰）撰写系列武林秘记《红叶手札》，专事披露武林秘史。某日，一家书店受托印制红叶手札，不想店长等人却招来杀身之祸，七十二路烽烟之十色旗主田风（黄树棠 饰）部下将杀害店长之凶手截杀。几日后，沈家堡堡主沈青（张国柱 饰）向田风求援，女侠青影子（米雪 饰）随田风等人赶至沈家堡，与先行受邀抵达的方红叶一同会见沈青。昔日兴旺的沈家堡已人去堡空，原来沈青幼年时，沈家受了杀人蝴蝶的诅咒，如今诅咒兑现，杀人蝴蝶潜入沈家堡各处行凶。田风等人出于江湖道义留下探究蝴蝶杀人之根由，却不知陷入了沈家堡与天雷堡的一场隐秘仇怨……

孔武有力的夏侯武（甄子丹 饰）曾是佛山武馆合一门的弟子，当年他争强好胜，在香港担任教官时与他人比武，结果失手将对方打死最终锒铛入狱。三年后的某天，闹市街头发生一宗离奇车祸，死者似乎在车祸前就被武功高强之人残忍杀害。夏侯武在狱中看到该新闻，心知在此背后有一场针对武林中人的猎杀正有条不紊地展开。他强烈要求面见重案组总督察陆玄心（杨采妮 饰），由于言中接下来命案的遇害者，终于取得陆督察的信任，得以协助警方办案。与此同时，先天残疾却练得一身绝技的封于修（王宝强 饰）四处挑战隐于闹市的高手，更在获胜后将他们无情杀害。

1997年回归前夕，多方势力矛盾激化，暴力事件频发。