蝙蝠侠和他的盟友们从过去回来后仅仅一天就发现世界已经和他们离开时大不相同了。整个日本岛不复存在，正义联盟的英雄们也不复存在。但他们还没来得及弄清楚发生了什么，黑帮就开始从天而降。

在某个驿站，座头市帮助医生淳安和他的女儿大志，并对抗邪恶的黑帮松五郎。尽管受了重伤，一还是打败了松五郎一家和保镖源八郎，但源八郎竟然是俊安的儿子……野川由美子展示了她出色的嫂子行为。

座头市在过一座悬桥的时候，无意中致使一老太太死亡。后来处于负疚之心，座头市去妓院把老太太的女儿赎了出来，而该女人的情人为了得到她，联合一干恶徒以该女子为要挟，刺穿座头市双手，最后在极其恶劣、残酷的情况下双手残疾的座头市杀了恶人军团。这是该系列中最黑暗的一集，助人为乐的座头市差一点就把自己搭上了。另外，一个被抓回的妓女最后还是在妓院中不能脱身，以个小弟弟被恶人打死，他的姐姐抱着他尸体陈海。

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

一天早上，座头市突然遭到暴徒袭击，他将其中一人砍死，并砍下另一人的手臂。厌倦了如此血腥的旅程，座头市在阿苏的一家旅馆拜访了很久以前接受过 Anma 训练的彦之市大师和他的女儿 Osayo。然而彦之市被杀，大佐代改名为锦木，成为木山驿站老板龙五郎的女仆。座头市惊讶地前往小野屋所在的长次郎。然而，佐代并没有听从龙五郎所影响的区役所矶田雄右卫门的指示，受到严厉的惩罚后被关进了仓库。座头市潜入仓库，从沙耶那里听到了事件的概要。 ——彦之市带着300两黄金出发前往京都，以获得暗马的最高等级——剑行等级。然而，在半路上，有人杀了他，并偷走了他的钱。而且，辰五郎还拿了他好心借给他的一百两，让大谷成为了长次郎的女仆。 那天晚上，座头市被辰五郎自称井道尻群十郎的保镖叫来了，我揉了揉肩膀。幸运的是，座头市向群十郎询问了根堀和龙五郎的事情，但当谈到彦杀城的话题时，群十郎却保持沉默。另一位保镖角仓小平太瞥见了座头市，在他的眼中看到了杀机。当时，区政府通过衙署御马瓦里开始调查账本。角仓从矶田那里偷走了一百两，矶田害怕自己的恶行被揭露，得知此事后，他杀死了追赶他的侍卫，独自面对座头市。然而，角仓倒在了座头市的致命剑下。然而，当座头市返回岗位时，他因杀害一名警卫而被捕。这是龙五郎和矶田的阴谋。群十郎的女儿鹤偷走了父亲的手杖，座头市陷入了危机。群十郎被座头市的侠义精神所感动，从鹤手中接过手杖，交给了座头市。座头市发出致命的两段斩击，龙五郎和矶田的脸都红了。

哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。

文殊的和平寺、岛藏、伊乃藏、菊藏、鹤藏五人组成的刺客团在甲州路上秘密追捕座头市，并在座头市乘坐的轿子前刺杀了他。然而，轿子里面却有一个年轻女子，名叫小丰，怀里抱着一个婴儿。途中，一将自己的轿子交给了突然病倒的小丰。当市听到小丰的死讯时，他决定将孩子交给小丰在信州宫本村的丈夫宇之介。盲人阿一抱着孩子，在轿夫童平和马助的陪伴下，开始了照顾孩子的旅程。然而，五人组却向这座城市发起了进攻。五个人中，有一个人被一的居合剑法砍倒了。道平和马助撤退了，一则带着孩子继续赶路。刺客因朋友的死而勃然大怒，与害羞的 Magojo Hangoro 结盟，并在 Ichi 换尿布时袭击了她。然而，即使在那里，阿一的剑也夺走了半五郎家族十名成员的生命。盲人阿一一边照顾孩子，一边成为黑帮成员，旅途充满艰辛。在通过一晚的赌博赚了一些钱之后，第二天醒来，一帮助了一位被乡村武士追赶的女钱包剪贴师冈，并雇用她来照顾他。冈爱上了 Ichi 的精神，尽管他们之间有争吵，但冈还是经常照顾 Ichi。有一天，当 Oka 让她的婴儿在二楼小便时，被路过的相扑选手 Koteushi 抓住了，Oka 和 Ichi 之间发生了争斗。四人恰巧路过此处，向没有带暗剑的阿一发动攻击，不过阿卡凭借敏捷的思维成功逃脱。就在一和冈开始对彼此产生不可分割的爱意时，一去拜访了已成为黑帮老大的卯之介。然而，卯之助却命令手下将抱着婴儿的一赶走。宇之介的态度让一感到愤怒，她把婴儿连同小丰的头发一起托付给了她家庙瑞光院的僧侣。与此同时，在寺庙外面，卯之助的盟友，刺客和平次和他的手下，点燃了竹矛的尖端并袭击了阿一，将他包围并杀死。这就是平次打败一之居合的计划。在火焰和刀刃中，阿一打败了四人和他们的同伙，但只放过了婴儿的父亲卯之介。当 Ichi 和 Oka 与他们的孩子告别时，他们的眼里闪烁着泪光。

突然间，这个世界被分成了四个，景和，妳音，道长，兹穆丽被飞进这四个不同的世界里，而且在这个看起来不一样的世界里，他们遇见了四个怎样看都不对劲的英寿，英寿竟然被分裂成了四个。究其原因是未来人搞的《世界毁灭游戏》，面对英寿和世界的危机，太狸、猫猫、牛牛、狼姐、老爷爷和南瓜熊也参战，在着奇想之外的展开中，黑色的极狐出现了，究竟英寿和世界的命运会如何？

座头市在甲州的驿站外被渴望名誉的旅行黑帮青六枪杀，他前往梶泽寻找一位救了他并支付他治疗费用的未知恩人。在梶泽，津向文吉与竹屋安五郎隔着富士河发生冲突。文吉今年再次在河岸燃放烟花，邀请江户的烟花大师九兵卫来接他的妹妹和女儿六，以取悦附近的人们，但拯救这个国家的是这个国家。是的。当一得知梶泽的事情后，他表达了对国家的感激之情，而自己则以贫穷的按摩师的身份成为了文吉家的累赘。安五郎名叫伊恩，利用妹妹奥仙县令夫人的身份，瞄准了文吉的领地，并利用一切机会试图牵连文吉。不过，性格温顺的文吉并没有当真，而是平复了自己暴躁的情绪。就在这时，清六回到了文吉家。青六是文吉的儿子，他的逃跑给父母和姐妹带来了很多麻烦，青六看到这座城市后感到很惊讶。他想杀掉在世人中赫赫有名的座头市，给他一个男人。然而，即使盲人一见到了圣六，他也不知道开枪的是他。这位圣六被伊恩陷进了陷阱。在一场投降领土与青六生命之间的战斗中，一偷偷闯入家中，安全救出了青六。当伊恩得知背负着清六如风的阿玛就是以执法闻名的座头市时，他向地方官署提出了抓捕座头市的请求。文吉得知此事后，出于对一的安全考虑，在没有透露情况的情况下让她提前离开。捣蛋鬼阿一一走，无安一家就在保镖天玄的带领下，冲进了文吉的家。青六和文吉遭到突然袭击，很快就被击败了。然而，座头市气得浑身发抖的形象，却像狂风一样出现在家里，陶醉在胜利之中。

因诽谤罪被捕的座头市，被因无罪被判处死刑的黑道岛三送进监狱，为的是给他一个弟弟黑间千八或荒井的老大十兵卫，以证明自己的清白。他让我去拜访他。第二天早上，一离开监狱，加入了年轻的黑帮百太郎，但一一脱下草鞋，前往青田的釜树，与一一有着深厚的渊源，受到了无与伦比的款待，并与这座城市分道扬镳。几天后，一在大洗的一家旅馆拜访了黑间千八，向他讲述了岛三的情况，并请求他的合作。千八一度接受了这一点，但那天晚上，黑间家族在睡梦中袭击了他。一以自己的专长居合紫里击败了刺客，并得知是荒矶十兵卫贿赂了政府官员并制服了岛藏，并救出了黑间家族的人。女人奥梅.从那以后，青梅就很喜欢一，再也不想离开。此后的几天里，一都被伪装成百太郎的假座头市所困扰，但出于对岛三安全的担心，他匆忙前往荒矶的十兵卫。当时，岛仓的女儿Ochiyo绝望地请求十兵卫以某种方式拯救岛仓。然而，十兵卫却利用了十代的弱点，试图窃取她的身体。然而，千钧一发之际，一却用致命的“Gyakuteziri”击败了十兵卫的心腹，并迫使十兵卫写了一封证明岛三清白的信。在那里，一从太千代那里得知百太郎是岛藏的儿子。市政府立即将十兵卫的信转交给了被关押在刑场的岛仓。在岛三因被证明无罪而流下喜悦的泪水后，这座城市的孤独形象消失在鹿岛海的沙丘中。紧随其后的是拼命追赶的大米……