三原火山爆发时弄醒了沉睡的哥斯拉，牠为了补充能源，先後袭击了一艘日本渔船及苏联的潜航舰。日本政府反对运用核武，皆因会连累无辜的市民蒙受死伤。于是出动超级火战机正面跟哥斯拉交锋。同时，林田博士亦发现了哥斯拉会受一种电波影响，并且会随它归巢。因此打算让哥斯拉随电波掉进火山口，并且将哥斯拉歼灭。

公元794年，日本桓武天皇时期，京都长冈被其胞弟早良亲王怨灵诅咒，天灾人祸不断。桓武天皇被迫迁都平安京，由此开启四百年平安时代序幕。彼时权贵内部斗争激烈，人民生活疾苦，世间因此怨灵丛生，人、鬼与怪物屏息同栖。隶属于宫廷阴阳寮的阴阳师们，作为平衡天、地、人、鬼间矛盾的存在，自此活跃在历史舞台上，其中最为耀眼的便是身世成谜的安倍晴明（野村万斋 饰）。右近卫中将源博雅（伊藤英明 饰）受托拜访安倍晴明，被所目睹的奇异景象及晴明的个人魅力深深折服；晴明亦被博雅正直的品德吸引。

居住在东京的35岁男子的铃木英雄（大泉洋 饰）是某著名漫画家的助手，他早年曾出版过单行本，但在此之后一直籍籍无名。不仅生活拮据，与女朋友黑川彻子（片濑那奈 饰）的关系也日趋紧张。许是太过为自身的境遇所焦灼，英雄根本没发觉周遭接连发生的异样。直到冷战许久的女友化身为恐怖丧尸，他才发现全日本早已被名为ZQN的僵尸病毒所攻占。原本秩序井然的都市，顿时变成了僵尸肆虐的狩猎场。他慌不择路之际，与女高中生早狩比呂美（有村架纯 饰）坐上一辆出租车，历经千难万险逃出了城市。根据手机上收到的信息，他们朝向ZQN不宜生存的富士山前进，并在途中邂逅了护士的薮（长泽雅美 饰）所在的幸存者们。只不过，危机和考验并未就此结束……

居住在东京的35岁男子的铃木英雄（大泉洋 饰）是某著名漫画家的助手，他早年曾出版过单行本，但在此之后一直籍籍无名。不仅生活拮据，与女朋友黑川彻子（片濑那奈 饰）的关系也日趋紧张。许是太过为自身的境遇所焦灼，英雄根本没发觉周遭接连发生的异样。直到冷战许久的女友化身为恐怖丧尸，他才发现全日本早已被名为ZQN的僵尸病毒所攻占。原本秩序井然的都市，顿时变成了僵尸肆虐的狩猎场。他慌不择路之际，与女高中生早狩比呂美（有村架纯 饰）坐上一辆出租车，历经千难万险逃出了城市。根据手机上收到的信息，他们朝向ZQN不宜生存的富士山前进，并在途中邂逅了护士的薮（长泽雅美 饰）所在的幸存者们。只不过，危机和考验并未就此结束…… 　　本片根据漫画家花泽健吾的同名原作改编。

哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。

接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 　　維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐，希望能中止機龍的計劃。但就在此時，太平洋又出現哥吉拉的影蹤… 　　2004年是哥吉拉登上大銀幕的50週年，上一部作品“哥吉拉X機械哥吉拉”中，以1954年第一代哥吉拉的骨骸做成的機龍首次登場，與哥吉拉展開熾熱的戰鬥。在這次，哥吉拉同類的戰爭終於接近尾聲。關鍵就在曾經襲擊過東京的摩斯拉與嬰兒島的小美人。一直守護著摩斯...

就读于都立东京高中的水岛树权（斎藤工 饰）英俊帅气，是无数女孩心仪的对象，连教务处长富良野健儿（津田寛治 饰）的女儿圭子（乙黒えり 饰）也对他青睐有加。情人节当天，树权收到同班转校生有角藻奈美（川村ゆきえ 饰）的巧克力，但是这个味道有些奇怪的巧克力让他的人生发生巨变。原来藻奈美是一个存活上百年的吸血鬼，她用掺有自己血液的巧克力把树权变成了一只吸血鬼。发现藻奈美真实身份的圭子想要搭救树权，结果却坠楼身亡。表面软弱的健儿实际上是个疯狂的科学家，他将女儿的尸体改造成威力强大的僵尸。一时间校园上空阴云密布，吸血少女和僵尸少女的战斗就此拉开帷幕……
　　本片根据内田春菊的漫画《『闇のまにまに～吸血少女対少女フランケン～》改编。