周星星（周星驰 饰）圆满完成了校园任务后，以为可以升职，偏偏被调为交通警察。跟他一样立功的曹达华（吴孟达 饰）则继续以卧底的身份在学校内调查国际恐怖组织的案件。他的事业跌到了低谷，就连准备婚礼的钱都是女友阿敏（张敏 饰）的私房钱，令阿星十分无奈。为了证明自己的能力，他决 定以个人的身份到学校协助曹达华，恐怖分子如期行动，双方开始奋战。
《犯罪現場》以通缉犯徐糠伏尸屋事件开始，负责调查的警官林法栋（张继聪 饰）发现涉及一宗一个月前的劫案，当中同谋包括汪新元（古天乐 饰）、红毛（凌文龙 饰）与欧阳（李灿森 饰），而犯罪现场唯一目击证人是一只鹦鹉，林法栋锁定汪新元为嫌犯。不过案情卻不如想像中直接……
周星星（周星驰 饰）是飞虎队队长，奉命以卧底的身份到圣育强中学寻找警司于参观时被窃的配枪。周星星就算百般无奈还是接受了任务。他很快适应了学校的生活，功夫高强的他也受到了学校众多学生的拥戴，周星星也顺势调查失枪案件。警队的另一位卧底曹达华（吴孟达 饰）也参与了这个案件，最后也与同学一起合力，帮助周星星破获一踪大型军火贩卖案件。
