水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是天地会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至善禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往天地会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了天地会总舵主，并追杀五个孩子……

金轮国王妃（叶玉卿 饰）与表哥欧阳锋（梁朝伟 饰）有染，为霸占江山，他们毒死了国王，但没找到传国玉玺。得知玉玺在前往九宫山找寻其师父求助的三公主（林青霞 饰）手里后，欧阳锋企图抢到手但没成功。糊涂国师（张曼玉 饰）在淫威下屈服，查出三公主的具体下落，欧阳锋乘火箭金靴追赶 ，却误脱落一只插死刚出关的王重阳（钟镇涛 饰），奄奄一息的王重阳恳求适逢路过的三公主找到其师弟周伯通（刘嘉玲 饰）代为报仇。逃到九宫山的三公主邀得师弟黄药师（张国荣 饰）与师妹（王祖贤 饰）相助，再加上前来寻找表妹的洪七（张学友 饰）、找到真心人才能成仙的段智兴（梁家辉 饰），一场与欧阳锋的生死恶战蓄势待发……  

令狐冲（李连杰饰）在按计划与日月神教的朋友会面后，将和小师妹岳灵珊（李嘉欣饰）等其他华山派师兄弟赴牛背山归隐退出江湖。路途中意外发现练就“葵花宝典”的东方不败（林青霞饰），但令狐冲不认识东方不败，误将对方当成一位美貌女子。后来几次相遇，还一道饮酒吟诗。 　　在同任盈盈（关之琳饰）、蓝凤凰（袁洁莹饰）会合后，几个月来江湖不平，大事连连。任我行为东方不败所囚禁，他们商量着夺回日月神教，便乔装进入浪人营打探，救出任我行。 　　另一边华山派弟子惨遭毒手，黑木崖上，令狐冲和一干人都想着报仇，他惊觉眼前人竟是东方不败……

两名农夫搭木筏至一孤岛兜售鸡鸭，岛上气氛诡异，两人胆寒之下突遇一群面具人袭击，农夫一死一降，皆被岛上屠夫解体后当做食物分发给饥肠辘辘的岛民。原来此岛辖属大家乡，不知何时岛民开始以人肉为食，保安队负责维持治安与食物配给。 　　密探九九九（徐少强 饰）为追踪江洋大盗劳力士（黄锦燊 饰）与一自称“包铁胆”的蟊贼登岛，击倒岛上屠夫后九九九拜访大家乡保安队长（高雄 饰），队长将其引至屠场，九九九力战群凶后负伤逃脱，在一民女阿莲家调养之后向队长求证，然而一无所获。 　　先前劳力士选择大家乡任保安副队长，以求洗心革面，谁知事与愿违却做起了吃人的勾当，劳力士几次计划向岛外求援却全被破坏，这次向九九九报警仍不被理睬，无奈之下放出被囚的包铁胆，自己反被队长杀死。九九九又一次经历围攻而大难不死，他决定和包铁胆、阿莲姐弟一起逃离食人岛……