堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一 配音）和他的战友次元大介（小林清志 配音）、石川五卫门（浪川大辅 配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一 配音）与目暮警官（茶风林 配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击。另一方面，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪（入野自由 配音）赴日卡演唱会，但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。 　　人声鼎沸的演唱会会场，史无前例的对决拉开序幕……

平静的日子里，在黑泽的家中，橘梅（茅野爱衣 配音）和黒泽大和（樱井孝宏 配音）的母亲（小林优 饰）一同做饭，气氛极其温暖融洽。与此同时，大和来到街头打发无聊时光，刚好接到一条来自好友竹村海（前野智昭 配音）的短信，他应邀前往以前两人最常去的公园，二人回忆往事，心中感慨万千。下一个镜头，某个车站，美丽的北川惠（寿美菜子 饰）站在车站前。一辆公车驶来，竹村海发现惠，于是下了车自顾自坐在她的旁边与之聊天，谁知却最终惹恼了对方，别扭的情感，说不出的话语……

此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕……本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。

所有武斗家最为关注的最高级别的格斗盛典“奥林匹亚武斗大会”将在天空竞技场拉开序幕，小杰（潘惠美 配音）和奇犽（伊濑茉莉也 配音）兴奋非常，坐在看台上准备为好友智喜加油鼓劲。谁知就在此时，一群神秘之人突然窜入会场，封闭大楼。炼狱（山本美月 配音）绑架了猎人协会的会长尼特罗（永井一郎 配音），饿鬼压倒性地击败智喜，修罗（天野博之 配音）则控制住天空竞技场的所有通讯设备。在他们身后，存在一个当年被猎人协会抹杀的强者——杰德（中村狮童 配音）。满怀怨念的杰德不惜将灵魂卖给恶魔，并带着遭受了同样命运的暗影部落幸村者向猎人协会展开复仇。 　　怨和慈悲的对抗，光明和黑暗的角力……

神秘的沙尼达尔之花，在美丽女性的胸口恣意绽放。将花朵取下并提取有效养分之后，可以制成效果极其明显的特效药。一家名为“沙尼达尔”的机构随之建立，该机构从全国各地网罗来那些为数极少的可以培育沙尼达尔之花的女性，为她们提供了高达一亿日元的报酬以及周到舒适的生活环境。治疗专家美月响子（黑木华 饰）与植物学家大泷贤治（绫野刚 饰）在该机构邂逅，在与田村友里惠（伊藤步 饰）、美本美树（山下莉奥 饰）、立花遥（刈谷友衣子 饰）等女性的接触过程中，他们渐渐了解到沙尼达尔之花的危险之处，而两人之间某种感情也悄然萌生。