幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。  在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。 来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……

这是人类的体内。                                                                      　　许许多多的细胞勤奋工作的世界。                                                                      　　某日白细胞(中性粒细胞)与红细胞，遇见了收留迷路乳酸菌的一般细胞。为了将乳酸菌护送至同伴身边，白细胞(中性粒细胞)与一般细胞向肠道出发。                                                                      　　然而他们却与来者不善的最强敌人重逢。                                                                      　　「我和你们到底谁才是正义的一方，趁这次弄个清楚吧」                                                                      　　再次现身的癌细胞。以及遭到坏菌破坏的肠内环境。                                                                      　　体内遭遇前所未有的大危机！？                                                                      　　「束手就擒吧 癌细胞！」                                                                      　　为了守护这个世界，白细胞们(中性粒细胞)向赌上世界命运的大战发起挑战。