犯罪率超低并在世界范围内享有盛名的和平之国东德鲁阿，其本国歌手奎恩·马尔塔（皆瀬 まりか 配音）在邻国西德鲁阿遭人暗杀。该事件使得东西两国关系瞬时紧张，战争一触即发。在此危急时刻，鲁邦三世（栗田贯一 配音）和次元大介（小林清志 配音）潜入东德鲁阿，伺机盗取传世秘宝“里特尔彗星”。谁知行动中他们遭遇警察埋伏，逃跑中一个黑影突然闪现，开枪袭击次元。次元敏锐地发现，袭击他的人很可能与杀害马尔塔的是同一人。在此之后，鲁邦与次元来到墓地，结果竟然在那里见到了一块刻有次元大介名字的墓碑。据说江湖上有一个传奇刺客奥崎耶鲁（广濑彰勇 配音），他会提前为其准备刺杀的人立上一块墓碑，凡是名字上了墓碑的人没有一个能逃过他的刺杀，但次元深感奥崎背后另有主使。与此同时，峰不二子（泽城美雪 配音）潜入某个秘密俱乐部，结果被俱乐部所有者抓获。未过多久，鲁邦和次元循着蛛丝马迹终于来到一处神秘所在，却在那里看到被囚禁起来的不二子。而就在此时，奥崎出现在他们面前…… 

昭和34年（1959），东京武藏野玄伯寺川的河边发现一具女性尸体。死者名叫生田世津子（木村文乃 饰），是专飞国际航线的空中小姐。经过尸检证实，世津子系被人用手臂蛮力扼杀。警视厅迅速成立专案组，而搜查一课即将退休的刑警藤泽六郎（北野武 饰）自告奋勇加入进来。藤泽似乎是一个不守规矩一意孤行的麻烦人物，因此组织派新人刑警市村由孝（瑛太 饰）与之组队，以牵制藤泽的行动。但是市村完全无法左右这位老前辈的行动，很快二人便查明案发当晚曾有一辆隶属于外籍人士的蓝色雷诺在现场出现，继而顺藤摸瓜查到了巴西古里尔莫教会。因牵涉到外国人，使专案组的调查承受巨大压力。而发誓为死者讨还清白的藤泽，却仍朝着黑暗的彼方奔去…… 　　本片由著名推理作家松本清张根据真实事件创作的小说改编。