某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。跟随着久美子，小新一行人来到了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划，增藏派出了刺客，在强大的敌人面前，小新能否顺利救出新之助，并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢？

近未来，被世人称为“美杜莎”的后天性细胞硬化症候群（ACIS）泛滥全球，被感染者经过30~60的潜伏期后，在短短的12天内就会病发身亡。死时全身石化，其状恐怖。由于没有任何的特效药和对峙办法，人类世界陷入一片末日般的恐慌之中。就在此时，科学研发企业维纳斯门宣称可通过冷冻睡眠的办法为人类保留生命的希望，但是全球仅有160人有资格走入冷冻胶囊。女孩一色霞（花泽香菜 配音）幸运地成为160人中的一员，但是她也要被迫和相亲相爱的双胞胎姐妹生离死别。当小霞再次醒来时，发现维纳斯门总部情景怪异，接着一群奇怪生物袭击了这些人，最终只有极少数人侥幸活了下来。等待小霞的，将会是怎样残酷的命运……                                                                      　　本片根据岩原裕二的同名原著漫画改编。

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。
本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版