童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。                                                                      　　本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。

本次即将与明年7月上映的剧场版是《宠物小精灵》系列的第16部剧场版动画，上一部作品名为《宠物小精灵 Best Wishes 酋雷姆VS圣剑士》，而新作则是以被真红之铠包裹着，曾在3亿年前被等离子团改造了的口袋妖怪盖诺赛特为主角，在特报中登场的正是被称为“红色盖诺赛特”的口袋妖怪，它比平常的盖诺赛特行动更快速，能力更强劲！尤其是在“高速飞行行态”下时，更是为神速！而剧场版中它将如何活跃，又会与小智一行展开怎样的互动呢？让我们拭目以待！

在平行世界设立了一所为了培训未来会协助光之美少女的妖精而设立的妖精学校。某天，学校寄邀请函请光之美少女们参加派对，但妒忌光之美少女的学生古莱鲁此时却与被他从“影水晶”中释放出的心之暗影一起行动，并连续袭击校内的妖精和光之美少女们。

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。                                                                      　　为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……