封印不死兽后4年，剑崎等人过上平凡人的生活。但在某天，不死兽再次出现，而且要活捉天音，假面骑士们因此重新投入战斗……

未来世界，感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间，地球一半的领土便宣告陷落。人们流离失所，躲在最后的保留地苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）的南部博士（岸谷五朗 饰）发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量，而力量提升后的超级战士正是阻挡恶魔党的不二人选。在此之后，鹫尾健（松坂桃李 饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人得到ISO的发掘，经过连番常人难以想象的特训，他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队战士。某次战斗后，健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入进来，他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童 饰），以期获取Last Suicide计划的详情。面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄悄发生着变化……©豆瓣

这是一部描绘非线型历史的神话故事。人类大战持续了将近50年，世界由此分化为大亚细亚连邦共和国和欧共体两大阵营。持久战结束后，大亚细亚连邦共和国终于取得了胜利，并统治了欧洲和亚洲部分大陆，但战利品并不可观，除了土地的荒废，人心的慌乱外，还残留了很多战争后遗症。比如一些在战场上使用过的杀伤性化学武器、细菌武器、核武器等等。这一情形告诉我们拯救人类、拯救社会、拯救世界刻不容缓，人类处于即将崩溃的状态。怎样去面对这一切？怎样去寻找重生的道路？社会呼唤有志之士勇敢地战出来给这个被战争荒废了世界寻找一个公道。在这样危急的时刻，东博士提倡“完整地制造出人类所有器官的新造细胞”理论，这一理论在学术会上得到了认可。东博士的爱妻绿已久病卧床不起，为了把妻子从死神手中夺回来，东博士也必须完成这个研究。但社会保健部门从研究初期开始就企图独吞这一成果，为了顾全大局东博士在不断让步的情况下，着手开始这项研究。在东博士的呕心沥血的研究下，新造人类终于诞生。但原本是以拯救人类为目的制造的“新造细胞”到头来却于人类为敌，把人类赶进血的世界……

空中响起奇怪的声音，人们一个接一个地倒下，并最终消失。出现在前往调查的精英部队GUTS-SELECT队员们面前的是，一波波来袭的外星人军团，以及驾驶着漆黑要赛艇“佐尔加乌斯”的支配者基贝尔斯教授，它妄图扭曲地球的天空。

大悟与麗奈的兒子翼在一次飛機測試的途中回到了古代，并被一幫村民救起。企圖支配黑暗的杜古馬、大達拿和我龍操縱怪獸佐蒙多展開襲擊村落的計劃。翼和村民準備對抗怪獸的入侵……
　　一面倒防守的村民的身邊出現了一位旅途中的勇士馬巴，他手持的青銅製Sparklance令翼覺得很面善，認為這就是令其父親大悟變身成巨人Sparklance，當他拿起這東西集中精神後，竟變身成為超人迪加！但身材不高又沒有能量，所以不能打敗怪獸，而且能量不足很快就變回人。黑暗魔神杜古呼終於醒來了，與怪獸一起襲擊村落……翼難道不是光之巨人的傳人？那真正的傳人究竟會是誰？光之巨人最終能否復活……

《假面骑士Wizard 约定之地》操真晴人（白石隼也 饰）为了满足逝去的笛木历（奥仲麻琴 饰）的愿望，一个人继续着旅程。然后，晴人被以最强为目标的Phantom奥伽（敦士 饰）打败了，历的遗物希望魔戒也被抢走了。为了帮助晴人抢回希望魔戒，伙伴们陆续回归。谁知，明明已经死去的历又出现在了晴人面前，变身成了白魔法师…《假面骑士铠武 战极大逃杀》在泽芽市，装甲骑士们的战极决斗正在如火如荼地展开中。突然，猪笼草怪人从时空裂缝中出现了。混乱中，葛叶纮汰（佐野岳 饰）等骑士一同来到了另一个世界。在那里，各种各样的假面骑士被称为武神，在各式武将麾下帮助他们夺取天下。
Wizard也参与了这激烈的战斗。铠武和Wizard面前，武神铠武也出现了。

突然间，这个世界被分成了四个，景和，妳音，道长，兹穆丽被飞进这四个不同的世界里，而且在这个看起来不一样的世界里，他们遇见了四个怎样看都不对劲的英寿，英寿竟然被分裂成了四个。究其原因是未来人搞的《世界毁灭游戏》，面对英寿和世界的危机，太狸、猫猫、牛牛、狼姐、老爷爷和南瓜熊也参战，在着奇想之外的展开中，黑色的极狐出现了，究竟英寿和世界的命运会如何？

漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。

星历2988，巴兰谢公（田中秀幸 配音）成功研制出新型Fatima（拥有女性外表的机器人）拉克西丝（川村万梨阿 配音）和克罗索（佐久間レイ 配音），他召开盛大华贵的发布会，连传奇整备士雷帝欧斯·苏普（堀川亮 配音）也应邀参加。但在发布会开始前，克罗索在拉克西丝的帮助下逃跑，引起一阵混乱。最终寇拉斯三世（井上和彦 配音）救下克罗索，而后者也将寇拉斯认定为自己的主人。虽则如此，邪恶贪婪的尤巴大公（永井一郎 配音）不愿遭受如此挫败，他时刻企图将克罗索和拉克西丝纳为自己的私人物品。一场关乎贪婪和欲望的争夺……

文殊的和平寺、岛藏、伊乃藏、菊藏、鹤藏五人组成的刺客团在甲州路上秘密追捕座头市，并在座头市乘坐的轿子前刺杀了他。然而，轿子里面却有一个年轻女子，名叫小丰，怀里抱着一个婴儿。途中，一将自己的轿子交给了突然病倒的小丰。当市听到小丰的死讯时，他决定将孩子交给小丰在信州宫本村的丈夫宇之介。盲人阿一抱着孩子，在轿夫童平和马助的陪伴下，开始了照顾孩子的旅程。然而，五人组却向这座城市发起了进攻。五个人中，有一个人被一的居合剑法砍倒了。道平和马助撤退了，一则带着孩子继续赶路。刺客因朋友的死而勃然大怒，与害羞的 Magojo Hangoro 结盟，并在 Ichi 换尿布时袭击了她。然而，即使在那里，阿一的剑也夺走了半五郎家族十名成员的生命。盲人阿一一边照顾孩子，一边成为黑帮成员，旅途充满艰辛。在通过一晚的赌博赚了一些钱之后，第二天醒来，一帮助了一位被乡村武士追赶的女钱包剪贴师冈，并雇用她来照顾他。冈爱上了 Ichi 的精神，尽管他们之间有争吵，但冈还是经常照顾 Ichi。有一天，当 Oka 让她的婴儿在二楼小便时，被路过的相扑选手 Koteushi 抓住了，Oka 和 Ichi 之间发生了争斗。四人恰巧路过此处，向没有带暗剑的阿一发动攻击，不过阿卡凭借敏捷的思维成功逃脱。就在一和冈开始对彼此产生不可分割的爱意时，一去拜访了已成为黑帮老大的卯之介。然而，卯之助却命令手下将抱着婴儿的一赶走。宇之介的态度让一感到愤怒，她把婴儿连同小丰的头发一起托付给了她家庙瑞光院的僧侣。与此同时，在寺庙外面，卯之助的盟友，刺客和平次和他的手下，点燃了竹矛的尖端并袭击了阿一，将他包围并杀死。这就是平次打败一之居合的计划。在火焰和刀刃中，阿一打败了四人和他们的同伙，但只放过了婴儿的父亲卯之介。当 Ichi 和 Oka 与他们的孩子告别时，他们的眼里闪烁着泪光。

动画剧场版《命运之夜—— 天之杯：恶兆之花》，是TYPE-MOON发售的文字冒险游戏《Fate/stay night》中第三条剧情线，简称“HF”或“樱线”。在故事中，圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。7位御主（Master）和7位从者（Servant）为了得到圣杯而相互厮杀的仪式被称为圣杯战争。