该剧讲述的是云之子Fuwari和面包超人为了拯救Fuwari出生的云之国而展开的斗争的故事。这也是Dokin-chan首次担任主角的剧情片。与前作一样，影片中引入了可以尽情唱歌和拍手的环节，并在“面包超人运动场”举办各种体育赛事，穿插播放《San San Taiso》和《Tamashimasa no Uta》等歌曲。

在家长重重压力下想要离家出走的大雄（大原惠美 配音）、胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）和静香（嘉数由美 配音），在哆啦A梦（水田山葵 配音）的协助下来到了七万年前的地球。在创造属于自己的世外桃源时，他们偶遇神秘少年古古儿，继而被卷入了光明族和黑暗族的部落争斗之中。大家齐心协力智斗巨尊比，不想却发现了一个惊天秘密……

故事讲述了曾经被孙悟空击败的红绸军卷土重来，创造出了自称是超级英雄的人造人伽玛1号和伽玛2号。悟饭、比克与两位超级人造人狭路相逢，展开了激烈的对战……红绸军究竟在酝酿什么阴谋？地球危机迫在眉睫，是时候觉醒了，真正的“超级英雄”！

某年夏天，6岁小女孩竹川萤来到爷爷家度假，她闯进了传说住满妖怪的山神森林。正当她因为迷路而焦急万分的时候，一个戴着狐狸面具的大男孩出现在她面前，并引领着萤找到回家的路。虽然萤分外感激，可是男孩却禁止她碰触自己的身体，原来这名叫银的男孩并非人类，他一旦被人类碰触就会烟消云散。在此后的日子里，萤和银成为好朋友，他们走遍了森林的每一个角落玩耍。日复一日，年复一年，每到夏天的时候萤就会如约来到森林和好朋友见面。她遵守着和银的约定，无论如何也不碰触银的身体。随着年龄的增长，萤和银对彼此的情感都悄悄发生了变化，他们共同期待相聚的日子，共同期待拥抱对方……
　　本片根据绿川幸的原作改编。

　　公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。 

又是一年暑假到来，胖虎（木村昴 配音）和小夫（关智一 配音）怂恿大雄（大原惠 配音），让他拜托哆啦A梦（水田山葵 配音）去寻找尚未被人类开发的秘境。在此期间，一条脏兮兮的小狗不请自来，它成功帮妈妈找到丢失的包，于是成了野比家的宠物，并得名扁扁。扁扁操纵卫星照相机拍到了神秘石像的照片，以此为契机，大雄、哆啦A梦、胖虎、小夫以及静香（嘉数由美 配音）组成了一支少年非洲密境探险队。他们一路上历经千辛万苦，更险些丢掉性命。而当离巨神像越来越近时，小伙伴们出乎意料发现了扁扁以及一个神秘王国的秘密。原本快乐的探险变成一场凶险的战争，他们能否拯救那个国家吗？
　　本片根据藤子•F•不二雄同名大长篇漫画改编。

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……
　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。