某科学的超电磁炮第二季

在人界，存在着从人们的梦想和希望中横溢而出的力量“纯心”。纯心对魔法界而言，是力量的源泉。邪魔界的邪魔男爵企图征服魔法界，组织起“邪魔邪魔团”（无理太郎、无用子、无望之丞），开发出让人放弃梦想的“放弃之石”，来到了人界。 为了阻止邪魔界的野心，为了保护人们的梦想和希望，魔法界的魔法教母，将提娅拉派往人界。提娅拉经营的宝石商店成为了连接魔法界与人界的桥梁。 提娅拉所带来的魔法战士美月与凛和精灵・魔可喵一起把因“放弃之石”而堕落的人类“弃梦者”净化

城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。

这是一个女王统治一个宇宙的世界……                                                                      　　这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地”                                                                      　　据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。                                                                      　　本故事中登场的是两个宇宙……                                                                      　　在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。                                                                      　　还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。                                                                      　　然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”……                                                                      　　17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。                                                                      　　对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说，                                                                      　　即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。                                                                      　　在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决……                                                                      　　在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……

这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。                                                                      　　由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了……                                                                      　　被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了……                                                                      　　最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。

新学期开始，各个社团都在大力招新，青春学园的强势社团网球社迎来了一位从美国回来的新生越前龙马（皆川纯子 配音）。个头虽小气场却不小的龙马寡言少语性格颇拽，引来了前辈们的不满。但一经较量后，发现龙马果真实力非凡，虽然是一年级，但还是入选为正式队员，目标直指全国大赛。                                                                      　　而网球社的成员也都各有各的本领和个性。总是笑眯眯的不二（甲斐田雪 配音）、爱操心的大石（近藤孝行 配音）、龙马的好友桃城（小野坂昌也 配音）、桃城的死对头海棠（喜安浩平 配音）、闹腾的菊丸（高桥广树 配音）、数据控的乾（津田健次郎 配音）以及实力强劲的队长手冢（置鲇龙太郎 配音）。性格各异的他们在磨合中逐渐形成默契，一路征战，遇见形形色色的来自其他学园的挑战，而大家的目标只有一个，那就是全国大赛的冠军。