《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
九·一八事变后，日本开始强化实施向满洲移民的政策。这一天是林口镇闻名遐迩的“正北货栈”的掌柜方振宇与吴萃花结婚的日子，宾客中有乔装而来的“梅姑寨子”的寨主吕金梅，还有日本在东北的组织“黑龙会”林口分会的会长松本太郎，松本太郎巴结方振宇提出与他结交，方振宇洞悉 “黑龙会”的企图，婉言拒绝。松本太郎借吕金梅杀害两个日本人的事件请求关东军援手，一队荷枪实弹的关东军扑向方家大院，方振宇和兄弟们寡不敌众，松本太郎威逼方振宇投靠“黑龙会”，方振宇痛斥日本人的强盗行径，松本太郎无奈举刀捅向方振宇。为给方振宇报仇，吴萃花投奔抗联积极参加抗日，之后重遇已经成为黑龙山首领的方振宇，吴萃花为了完成组织交代的任务，毅然跟随方振宇上黑龙山，成为黑龙山上智勇双全的“女响马”。
时值1946年秋冬，中原大地上，国共两党之间的斗争已经进展到了十分紧张的程度。 周啸风，时任国民党349旅少将旅长，他的真实身份却是直接受命于延安，单线联系的地下党员。他所肩负的任务是策动新九军郭今秋的起义，但未料349旅在另一批地下党的领导下，于敌人进攻我铜牛军区时提前起义，这批地下党受命于军区敌工部。周啸风对349旅起义时机颇感疑惑，但却无法阻止，便状若被挟持似的参加了举事，并脱离战场，随部调往铜牛军区腹地美人关进行整编。 其后事件的发展，证明349旅起义果然大有文章，以焦参谋长为首的24名领导起义的地下党员，在前往军区开会时遭遇敌人伏击，全部牺牲，原来这是敌人阴谋的一部分，在潜伏于我党之中的敌人“野狼”的策划下，349旅全部地下党员牺牲，而这支队伍还未来得及整编，等于它又回到了国民党部队。其前途竟由周啸风一人好恶来决定。 军统不仅在周啸风身边埋...
一个国破家亡的年代,一首血雨腥风悲歌。 战火纷飞的1940年，国民党已撤至重庆，共产党据守延安，日本侵略军正在猖獗。灵湖镇上的人们不曾预料到的是，在战火蔓延至身边之际，一场瘟疫又将侵袭。而一个无计维生的人会救他们于危难，同时，这个人也将灵湖镇拖入了一场血腥风雨的暗战中。 一声枪响，打破了小镇的宁静，也惊吓到任旭棠。受到枪吓的任旭棠慌忙逃回家中，谁知，那被追杀之人却找上门来，此人是土匪头子宋大哥。追杀宋大哥的是当地保安团。保安团的刘团长乃是信奉有枪便是草头王的土皇帝。他一面忙于“剿匪”，一面却不忘美色。刘团长看中了镇长百年药店乐缘堂家的大小姐丁秋萍，于是派媒人前来提亲，实际上就是逼婚。 丁秋萍是一个受过高等教育的新派女青年，胸怀抗日救国理想，丁秋萍自然不会受刘团长的要挟，与之顽抗到底。不久，这小镇的日军也将难逃瘟疫的魔掌。 本是医药世家之后的任旭棠，凭借自己研发的药方,救了日本司令部长官山本太郎夫人的命,得到了山本太郎的赏识.不过,见识到三天九天汤神奇疗效的日本军人冈野,开始打起了药方的主意. 药方的成功,更招来了日本人 新四军 保安团等多方势力的争夺.家内的失窃,同行间的暗算,保安团的胁迫,日本人的诱利纷纷登场,一时间,风起云涌。
