《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
原是大雍国钦天监监正蒯铎之子稚奴，一夜之间身负血海之仇。十年隐忍和学习之后，稚奴化名藏海（肖战 饰）回到京城，凭借营造技艺和纵横之术，在朝堂上步步高升。他将当年灭门真相公之于众、一雪冤屈，也在逐渐成长中，看到了朝堂的陋习。最终，为了国家安定和百姓安居乐业，藏海协助大雍消弭了战争。
为了打击犯罪、实现警察梦想，年轻的刘子明怀着一腔热血来到市公安局某刑侦支队工作，但琐碎无趣的排查工作让他感到枯燥。在师父的教导下，他逐渐端正态度，与小队成员一起参与侦破案件。在实地办案过程中，刘子明越发沉稳老练，成长为有担当的刑侦队长，带领徒弟们继续侦破各类案件。在经历一系列大案、要案、奇案、怪案的捶打与磨砺之后，刘子明对人性中的善与恶有了更深刻的理解，成长为一个名优秀的刑侦队长。师父全无保留的教导、战友们出生入死积累的信任、家庭婚姻的变故，让他真正认识到一个刑警肩上的责任之重，他为能从事刑警工作保障社会安定而倍感光荣。
故事讲述了一代有良知的“粮食人”的故事。男主角高远和曲正平是莫逆之交，三十多年后，高远以新任粮食厅长的身份返乡。上任不久，他收到一封神秘的“匿名信”，举报粮库实为空仓，矛头直指当时已是副省长的曲正平。决心彻底追查事实真相的高远遭到了来自各方面的干扰和跟踪。为什么红旗粮库会出现空仓？谁是神秘的举报人？一道道难解的谜团砸向高远。
