《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。
乱世中，经历失去父兄之痛的魏劭励精图治扛起家族重任，当他带领族人一雪当年的屠城之辱时，却发现百姓需要的不是复仇和征战，而是和平。为了百姓生计，他向当年背叛魏家的乔家递了联姻盟书，乔家幼女乔蛮被迫出嫁。传闻中魏劭是嗜好征伐的魔头，乔蛮深知魏劭娶她不过是缓兵之计，在魏家过得小心翼翼、如履薄冰。历经多番危机后，乔蛮和魏劭逐渐被对方的才智谋略与豁达胸襟所吸引，但上一辈的恩怨始终横亘在两人之间，隔阂着夫妻情感。当魏家遭遇生死攸关之际，乔蛮誓死守城，征服了魏氏和魏劭的心。最终，两人真心相爱，凭夫妻默契化解了家族矛盾，携手还百姓和平和安宁。
李桂兰（何赛飞 饰）有三个女儿：大女儿向美丽（牛莉 饰），二女儿向英英（陈一诺 饰）和小女儿向小雨（何洁 饰）。在外人眼里，李桂兰拥有一个幸福的家庭，可是对于李桂兰本人来说，除了自己不争气的丈夫经常让自己心烦外，三个年岁渐长的女儿们究竟该花落谁家也让她伤透了脑筋。
寒冬腊月，大雪纷飞，从小被弃养南方乡下的庄家三小姐庄寒雁，竟遍体鳞伤的晕倒在庄府大门之前，她的出现引起庄家内宅一片大乱，更招惹来大理寺少卿傅云夕的关注和探究……这一只冬日北上的孤雁，背后究竟藏着什么秘密？京城奸宦一夜倒台，神秘义子藏身迷雾，这一张张面具之下，究竟孰真孰假，孰善孰恶
善良正义的少女谢襄代兄从军，女扮男装进入烈火军校学习，与玩世不恭的富家子顾燕帧和冷静沉稳的沈君山成为同学并渐渐发展为并肩作战的战友。在军校严格残酷的训练机制下，谢襄不但要努力掩饰自己女扮男装的秘密，还要克服自己作为女性在军校生活中的种种的不便，更重要的，是要战胜自己柔弱的体质，努力完成军校所有的训练，顺利毕业。 在此过程中，谢襄和同窗好友们经历了一系列重大事件，也引发了一系列啼笑皆非的故事。最终，谢襄通过自己的不懈努力不但取得了出色的成绩，还赢得了教官的尊重，同时，也俘虏了两位优秀男同学的心。之后，日本军队增兵顺远，爱慕沈君山的织田显蓉化身日本商会会长从海外归来，一系列的阴谋和陷阱随之而来。谢襄在同学们的帮助下与日本人做斗争，在血雨腥风中逐渐成长，粉碎了织田显蓉的阴谋，并最终和顾燕帧走到了一起。
沈府嫡女沈江离（海陆 饰）至纯至善，成婚夜被设计与二少主陆景明（徐海乔 饰）有夫妻之实，还遭陷害禁足祠堂。分娩遇难被救后儿子焱焱却有顽疾，药只有陆家有，沈江离为救子重回陆府。她打脸刁难者，揭开当年被陷害的阴谋，也解开与陆景明的误会，焱焱则神助攻两人破镜重圆……
民国初年，军阀混战时期，船工子弟陈二娃在机缘巧合下，在重庆较场坝开了一家火锅馆。躲债的富家小姐李若兰、为清剿山匪而潜心卧底的魏天南和一心想讨老婆的大龄青年曾宝玉先后成为馆子的伙计。火锅馆刚开张，各种意想不到的事便接踵而来，先是遭遇同行的恶意竞争，几经周折后走上正轨，却又被山匪觊觎。在陈二娃和同行们的努力下，众人不仅协助城防大队、联合袍哥剿灭了山匪，还让深陷赌局的赌徒重获新生、令不孝的逆子迷途知返、帮助侦探捉拿通缉犯、阻止贫苦女子被卖入青楼、带领水八块小贩们抱团生存。在火锅生意逐渐红火的过程中，陈二娃获得了事业与爱情的双丰收，也让渝商艰苦奋斗的精神得以发扬和传承。
