在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类...
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
中学时期绰号为“石”的石森花为了改变自己，考入了拥有自由校园文化的八海高中。和他同班的还有三浦凯，一个有着柠檬色头发、酷酷的、自由奔放的“柠檬汽水男孩”。事实上，哈瓦那在中学时期就见过凯一次，凯的一句话就激励了她选择高中。对于 Hana 来说，人气的世界是遥远的。出于某种原因，凯开始照顾哈瓦那。在凯的鼓励下，哈瓦那逐渐开始融入班级，但是......由于凯的存在，Haohana 的世界正在逐渐改变。现在我正处于无尽的光明之中
