新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
新ダークヒーラー誕生！ 闇医者ならぬ闇ヒーラーは怪我を治し、人を癒し、世も正す…？ 「お前最近何もしていないよな、ぶっちゃけもういらないんだ」 冒険者パーティから役立たずと言われ、一枚の金貨を手切れ金に追放された治癒師の青年ゼノス。 貧民の生まれで、自己流の治癒魔法を使うゼノスは治癒師のライセンスも持たない。行く先をなくしたゼノスが路地を歩いていると、腹を刺された瀕死のエルフの少女リリと出会う。 「大丈夫だ、この程度なら助かる」 「……あれ、痛くないし傷もない。なんで元通りになってるの！？」 貧民街の外れにある廃墟街にひっそりと開業した治療院を舞台に、 無免許天才治癒師による無自覚最強ファンタジーが始まる―。
在遥远的十二号行星阿莫伊上，存在着一个扭曲的社会。这个社会由巨型电脑朱庇特所掌控。为了净化基因，人类被放逐了，一般的生育方式被彻底抛弃，朱庇特通过直接操控基因的方式，制造出了一大群更加完美的生物体，他们美丽，强壮，聪明，但冷酷无情、野心勃勃。这群所谓的“超人类”成为了普 通人类的统治者，他们通过发色来区分等级，其中，黑发和金发，分别处于等级的最底层和最高层。
除了个性出乎意料的好外，六合鸨时（福山润 配音）只是一介普通青年，没想到一届大江户幕府末巡回展却彻底改变了他的命运。在会场突然遭遇妖怪袭击的鸨时进入了一个名为“雨月”的异世界，在那里，妖怪和人类混居，二足鼎立的局面即将被打破，一场人类和妖怪之间的战争一触即发。 在雨月，鸨时结识了救他于水火之中的女剑士朽叶（朴璐美 配音）和同样是穿越而来，一直在支持和帮助他的筱之女绀（游佐浩二 配音）。在三人的齐心协力之下，鸨月开始探索起了回到现世的方法。同时，在不知不觉中，三人亦被卷入了人界和妖界的争斗之中。毁灭还是生存？鸨月面临着必须做出的选择。
