随着上一季的结束，Castor克隆人不再构成威胁，克隆人姐妹们的生活似乎可以回归平静，但孕育于过往的险境出现了：一个名为Neolution的组织一直在牵动Leda、Castor、Dyad 和 Topside的命运。在离开冰岛安全屋后，Sarah遇到了神秘的新盟友，而这个人与这一切的开端有着密不可分的联系——Beth Childs。在黑客 Dizzy 的帮助下，Sarah不得不跟随 Beth的脚步，慢慢走向强大的新敌人。Sarah的家人安全受到威胁，她承受着巨大的压力，与此同时，克隆人姐妹们正在被分开推往不同的方向。为了在这次考验中幸存下来，她们必须比此前任何时候都更团结一致。
讲述了一小队调查人员被召集起来追踪并抓捕有史以来最危险的杀手，他们都是刚刚从一个不应该存在的绝密监狱中逃出来的。
在节目中，基冈-迈克尔·基和乔丹·皮尔在现场演播室观众面前讨论拍摄的短片和小品之间穿插的话题。
第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
