2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
故事开始于一个宇宙中心的一个星球。“银河铁路”的全部的始发站迪斯特尼,主人公有紀学（ユウキマナブ）20岁，继承已故父亲和兄的意思入队守护银河铁路的安全的空间铁路警备队 (通称“SDF”)。SDF，在宇宙中维护银河铁路的运行日程的利益，因为各交通线路发生的事故，自然灾害和救命急救和宇宙海盗的讨伐等。 并与一个谜样的美女蕾拉相遇,她具有人和生物，惑星的命运的预见能力！蕾拉帮助着铁道站的旅行者们而被称为命运的守护者.然而,威胁银河铁道的最大危机迫近,而有纪的命运又会如何呢.
