西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
片仓结平（藤田大助 配音）是一个个性开朗的高中三年级生，帅气的外表和作风让他在女生间有着极高的人气。某日，接到姐姐片仓铃子（远藤久美子 配音）的急电，匆匆赶回家的结平面前，矗立着一位面容娇俏的可爱女孩。女孩名叫坂下柚夜（黑葛原未有 配音），是结平的远房表妹，母亲的突然失踪让抚养柚夜的重任担负到了片仓一家的头上。 面对着突如其来的变故，结平感到不知所措，自己本来就还是一个贪玩的孩子，居然要去照顾另一个更加调皮和古灵精怪的妹妹。然而，随着了解的加深，结平发现，柚夜其实是一个非常善良和细腻的女孩，自己也开始思考起作为抚养人的责任和义务。每个人，都在挫折和失败中渐渐变得成熟和坚强起来。
