为美好的世界献上祝福！第二季

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。                                                                      　　作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。

故事发生在天保14年的江户。当时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内government的压迫，加上外国殖民者入侵的威胁，在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』，而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密抹杀的government隐蔽机关。该组织的头目名为小笠原放三郎，是个醉心于“兰学”，并极力证明其实用性的学者。然而却不得不听从南町奉行?鸟居耀藏的差遣。小笠原虽然没有了得的身手，但却与有着能将汉字中蕴藏的不可思议力量“汉神”诱导而出并具现化的高超能力的“妖奇士”龙导往压等人承担着暗中保护江户的职责...

很偶然的情况下，蜜蜜露碰到了传闻中的司，但却发现司是个很难相处的人，而且在他身边的怪物更伤害了不少玩家。在数次接触后，蜜蜜露了解到司的遭遇和状况后，并愿意成为他的朋友……昂，也开始注意到司……                                                                      　　司被红衣骑士团定为危险人物，尽管昂竭力阻止，但司最终被制服并压入地牢……与昂的倾诉后，司对昂产生了信任和依赖的感觉……而此时，怀着不良意图的楚良正前往救司……                                                                      　　帮助司的希望被寄托在一些破碎的线索上。经过整理，BT解开曙光之眼的迷题，通向被遗忘的场所的门出现……在颠倒的空间里，司、贝尔和蜜蜜露遇见了语无伦次的哈罗露得修维克，但却得不到任何解释而失望……此时空间开始崩塌，在逃跑时，司被杀了……                                                                      　　尽管司并没有消失，但受到沉重打击的他再次选择了逃避。在迷惑、怯懦下停滞不前的司，得到朋友的鼓励和支持，终于重新振作。昂更为了司的事，与银汉不和，最后导致了骑士团的解散……而失去保护的昂，遭到了攻击……“为什么你会在这里？”“因为我觉得在这里的话，就能见到你。”司搂着昂遍体鳞伤的身体……昂哭了……                                                                      　　司带昂去见哈罗露得修维克口中的“她”（亚尔拉），但却发现她消失了……在昂离开后，由于背叛了“她”，司的精神被摧毁了……而另一面，贝尔找到了艾尔巴帮忙，当再次与哈罗露得修维克相遇后，昂意外地得知司是令亚尔拉苏醒的关键……                                                                      　　到了约定的时间，艾尔巴开启了通往最后战场的传送门……而神智恢复后的司，又一次失去了信心。但当听克里姆说了昂的事后，司在苦苦等待的昂的面前出现了……跟着，他们步入了传送门……