这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
小桃与厄卡伦踩进秘稀温泉小镇，极具要挟的朋友即将现身……
这是一个女王统治一个宇宙的世界…… 这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地” 据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。 本故事中登场的是两个宇宙…… 在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。 还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。 然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”…… 17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。 对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说， 即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。 在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决…… 在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……
十冻京（浅沼晋太郎 配音）是一名活泼善良的高中生，担任着游泳部部长的职务，对生活和学习充满了热情。某日，十冻京偶然邂逅了名为三崎紫雫乃（川澄绫子 配音）的转校生，却没想到这场邂逅改变了十冻京的人生，亦改变了整个世界前进的轨道。 一场意外令十冻京被卷入了机器人之间的激烈战斗之中，温柔体贴的守凪了子（花泽香菜 配音）、学生会会长岛（坪井智浩 配音）和副会长港（井上麻里奈 配音）皆未能幸免，日常的校园生活被打破，非日常的危险与敌人接连来袭，在一场又一场九死一生的战斗之中，一个关于“现实世界”和“虚拟世界”的秘密渐渐露出了真正面目。
